由于前期整理数据的时候不小心用了V5,导致数据merge时发现同时有V4和V5,最后的结构发生错乱,影响后续分析,但是数据量太大,不想重新跑,就研究了一下
V5 TO V4:
##加载v5包,一定是5.0的版本
library(Seurat)
##as函数进行转变
seuratobject[["RNA3"]] <- as(object = seuratobject[["RNA"]], Class = "Assay")
DefaultAssay(seuratobject) <- 'RNA3'
##只有删掉原来的rna,才能把rna3改名为rna,否则后续merge会报错
seuratobject[['RNA']]<-NULL
seuratobject <- RenameAssays(seuratobject,assay.name = 'RNA3',new.assay.name = 'RNA')
##detach这个v5版本,重新载入v4版本的seurat就可以正常工作了
这样就好了,后面merge的时候还是会有一个报错,但是我看了下结果,没什么不同,就没管了。
仅供参考,如有问题欢迎指出。