单细胞seurat V5 to V4

本文讲述了在使用Seurat进行数据分析时,如何从V5版本转换回V4版本以解决因数据结构混乱而影响后续分析的问题,包括加载V5包,使用`as`函数转换Assay,删除原RNA并重命名,以及detach旧版本的操作。尽管过程中遇到小错误,但结果无明显差异。
摘要由CSDN通过智能技术生成

由于前期整理数据的时候不小心用了V5,导致数据merge时发现同时有V4和V5,最后的结构发生错乱,影响后续分析,但是数据量太大,不想重新跑,就研究了一下

V5 TO V4:

##加载v5包,一定是5.0的版本
library(Seurat)

##as函数进行转变
seuratobject[["RNA3"]] <- as(object = seuratobject[["RNA"]], Class = "Assay")
DefaultAssay(seuratobject) <- 'RNA3'

##只有删掉原来的rna,才能把rna3改名为rna,否则后续merge会报错
seuratobject[['RNA']]<-NULL
seuratobject <- RenameAssays(seuratobject,assay.name = 'RNA3',new.assay.name = 'RNA')

##detach这个v5版本,重新载入v4版本的seurat就可以正常工作了

这样就好了,后面merge的时候还是会有一个报错,但是我看了下结果,没什么不同,就没管了。

仅供参考,如有问题欢迎指出。

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