根据不同的情况可以根据自己的理解修改代码,但总的来说通解就是把v5中变动的数据结构转换成v4的结构。
假设我们要操作的seurat对象名称为cat, 那么只需要在已经创建/读取好对象后增加一行这样的代码:
cat[["RNA"]] <- as(object = cat[["RNA"]], Class = "Assay")
就可以在不修改其他变量的情况下运行v4下编写的代码了。
Seurat文档描述原文:
We can also convert (cast) between Assay and Assay5 objects with as().
# convert a v5 assay to a v3 assay
pbmc3k[["RNA3"]] <- as(object = pbmc3k[["RNA"]], Class = "Assay")
# convert a v3 assay to a v5 assay
pbmc3k[["RNA5"]] <- as(object = pbmc3k[["RNA3"]], Class = "Assay5")