Seurat 降级：从V5降级到V4

Seurat更新增加了一些功能，由于前期都是V4的结果，当使用过程中，容易报错，于是想降级。

清华源
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/PackageName

方法一：降级软件版本，参考R语言生信医学统计与科研

具体的降级步骤如下：

#（1）重装Matrix
remove.packages("Matrix")
remotes::install_version("Matrix", version = "1.6-1.1")

#（2）设置CRNA
options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") 

# 若步骤（1）无法安装，则可以用以下命令安装
url <- 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.6-1.1.tar.gz'
install.packages(url, repos=NULL, type="source")

#（3）重装SeuratObject
remove.packages('SeuratObject')
url <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz" 
install.packages(url, repos=NULL, type="source")

#（4）重装 Seurat
remove.packages('Seurat')
url <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz"
install.packages(url, repos=NULL, type="source")

查看版本

> packageVersion('SeuratObject')
[1] ‘4.1.4’
> packageVersion('Seurat')
[1] ‘4.4.0’

方法二：格式转化，参考生信小博士
 

# https://github.com/satijalab/seurat/issues/7409
# convert a v5 assay to a v3 ,v4 assay
pbmc3k[["RNA3"]] <- as(object = pbmc3k[["RNA"]], Class = "Assay")

​pbmc3k[["RNA4"]] <- as(object = pbmc3k[["RNA"]], Class = "Assay4")

# convert a v3 assay to a v5 assay
pbmc3k[["RNA5"]] <- as(object = pbmc3k[["RNA3"]], Class = "Assay5")