SeuratObject转h5ad格式

最新推荐文章于 2024-07-25 12:30:59 发布
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Python的MetaCells版本输入貌似一定要h5ad格式，所以就探索了一下~

这个是最方便的：SeuratDisk

#安装这个包, 试了直接installl和biomanager都不行, 只能github
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")

#载入
library(SeuratDisk)
library(Seurat)    

#一个叫seurat.h5seurat的文件会保存到现在的工作路径下
SaveH5Seurat(seuratobject,filename="seurat", overwrite = TRUE)

#数据转为h5ad格式, 同样的最后的h5ad格式的问价会保存到当前工作目录下面
Convert("seurat.h5seurat", dest = "seurat_h5ad", overwrite = TRUE)

~~来自知乎的方法~~

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