RNA-seq分析：Step9（共表达分析）

已于 2024-08-03 17:11:22 修改
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分类专栏： 转录组(RNA-seq) R语言 生物信息学 文章标签： r语言 学习方法
于 2023-08-30 11:05:32 首次发布
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本文介绍了WGCNA（Weighted Correlation Network Analysis）方法在基因表达数据分析中的应用，详细阐述了从R包安装到共表达网络构建、模块检测、基因模块与表型关联分析的步骤，强调了软阈值选择的重要性，并提供了数据导入、预处理和模块注释的流程。WGCNA是识别生物学过程相关基因模块的有效工具。

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目录

前记

一、R包的安装

二、数据的载入和预处理

1、数据导入

2、样本的聚类

 3、软阈值的计算和选择

三、生成基因模块

四、基因模块与表型之间联系

 五、导出共表达网络文件

后记

前记

WGCNA（Weighted Correlation Network Analysis）是一种系统生物学中常用的数据分析方法，主要用于分析高通量基因表达数据。该方法通过构建基因共表达网络，将相似的基因组织到同一模块中，并用模块间的关联性进行分析，从而识别与生物学过程相关的模块和关键基因。

WGCNA分析流程主要包括：数据预处理、构建共表达网络、模块检测、模块注释和功能分析等步骤。其中，构建共表达网络是WGCNA的核心步骤，其基本思想是通过计算基因间的相关系数，建立基因共表达网络，然后利用模块检测算法将相关基因聚类成模块，进而探究不同模块与生物学过程的相关性。最终，可以对模块进行注释和功能分析，揭示其在生物学过程中的作用。

Figure 1
WGCNA的流程
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大家看了我整个GEO分析流程的系统讲解视频+每个模块的实操讲解视频+每个模块的演示数据，这样下来基本上一天就能精通GEO的全流程分析，并能快速用自己的GEO测序数据或公共数据库下载的GEO数据在自己的电脑上跑完GEO分析的全部流程。 包括但不限于GEO数据的全流程零代码一键分析软件神器OmicsTools在我的github仓库zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装进行各种生信分析和可视化作图。
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WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联，以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐15个样品以上的数据。现在测序价格越来越便宜，得到15个样品数据的成本很低，如果再结合样品性状数据进行模块基因与表型的关联分析，一定能给你的文章增色不少！如果自己手里没有数据，利用公开的数据挖掘分析也是不错的选择。下面我...
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这有助于理解基因之间的相互作用，揭示生物学系统中的关键调控因子和信号传导通路。通过观察与已知功能相似的基因共表达的模式，可以推测目标基因的功能。基因共表达分析有助于理解个体之间的基因表达变异，为个性化医学提供信息。它可以帮助鉴别疾病相关的基因集，从而深入了解疾病的发病机制和潜在治疗靶点。通过分析药物处理后的基因共表达，可以识别潜在的药物靶点和了解药物的作用机制。通过研究与特定生理或病理状态相关的基因共表达，可以发现潜在的生物标志物，这对于疾病诊断、治疗和监测非常重要。揭示基因之间的相互关系。
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