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RSS订阅原创 bedtools软件安装报错：gzopen函数未定义（undefined reference to `gzopen64'）
在如下网站下载最新版软件：https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/tag/v2.26.0https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.26.0/bedtools-2.26.0.tar.gzwget https://github.com/arq5x/bedtools2/r
2017-02-22 14:07:22
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原创 Centos 6 上安装R-3.3.1
Centos 6 上安装R-3.3.1时报错：checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are requiredwget http://zlib.net/zlib-1.2.8.tar.gztar xvzf zlib-1.2.8.tar.gzmv zli
2016-09-25 16:38:14
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原创 GCdepth散点图绘制
基因组组装完成后，需要对组装结果进行评估，其中GC_depth图是一个比较重要的指标，改图的横坐标是GC含量，纵坐标是平均深度。以30k为窗口(window)无overlap计算其GC含量和平均深度。如果存在样品污染，通常能够从GC含量分析中呈现出来。下文探索了几种绘制GC_depth散点图的方法思路。
2016-04-16 02:15:50
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原创 批量从NCBI后台下载指定数据的Perl脚本
最近需要在NCBI中下载所有Xanthomonas属菌株对应的gbk文件，由于NCBI前台gbk数据已经改版，故打算从后台ftp.ncbi.nlm.nih.gov下载。写了个Perl脚本用于批量下载NCBI后台数据，有这方面需求的同仁们可以参考。另外，多进程暂时未成功，后续再更改。
2016-03-16 18:25:14
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原创 远程blast的Perl脚本
之前用blast2go太慢，于是自己写了个Perl脚本进行远程blast，可以将fasta文件拆分后同时运行，最后生成XML文件，可以直接导入blast2go软件，速度比blast2go-basic的快些。
2015-04-27 22:43:52
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原创 批量从NCBI后台下载指定数据的Perl脚本
最近需要在NCBI中下载所有Xanthomonas属菌株对应的gbk文件，由于NCBI前台gbk数据已经改版，故打算从后台ftp.ncbi.nlm.nih.gov下载。写了个Perl脚本用于批量下载NCBI后台数据，有这方面需求的同仁们可以参考。另外，多进程暂时未成功，后期再更改。#!/usr/bin/perl#######################################
2015-03-28 09:07:35
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原创 如何批量转换gi至ko
最近分析转录组数据，自己倒腾着做KEGG pathway的富集分析（许多转录组文章都是用KOBAS数据库http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do来做KEGG pathway的富集分析，但是该网站只能一次提交500条序列，如果差异表达基因超过500条就不能用该网站进行分析了）。得到了差异表达基因的gi号，如何快速将gi号映射为ko号是进行富集分析必须解决的问题。目前发现
2015-02-02 17:11:53
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原创 CAZyme注释
CAZyme的数据来源于CAZyDB：www.cazy.org;对CAZyme的注释主要使用dbCAN：http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/。 对CAZyme的注释步骤如下：1. 从dbCAN中下载HMMs数据库打开dbCAN网站的Download页面。下载其中的3个文件：all.hmm.ps.len，dbCAN-fam-HMMs.txt，hmm
2014-12-27 16:53:57
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转载 ubuntu无法应用原保存的显示器配置
打开ubuntu之后的开启页面出现：所选模式均不匹配可能的模式：为 CRTC 63 尝试模式CRTC 63：尝试 800x600@60Hz 模式输出在 1366x768@60Hz (通过 0)CRTC 63：尝试 2560x1600@60Hz 模式输出在 1366x768@60Hz (通过 0)CRTC 63：尝试 1920x1440@60Hz 模式输出在 1366x768@60H
2014-12-18 14:06:32
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原创 几种clean data的软件用法
#几种clean data的软件用法：==============================================================一、read quality control and preprocessing----FastQC、PRINSEQ1、FastQC（输入文件可以是fastq(压缩和未压缩均可)，sam、bam文件。）fastqc *.f
2014-12-17 17:27:24
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转载 生物序列局部比对之Blast算法
生物序列局部比对之Blast算法(2012-05-26 22:01:38)转载▼标签：杂 算法基本原理Blast算法是1990年由Altschul等人提出的两序列局部比对算法，采用了一种短片段匹配算法和一种有效的统计模型来找出目的序列和数据库之间的最佳局部比对效果。Blast算法是一种基于局部序列比对的序列比对算法。广泛
2014-11-06 21:29:46
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转载 perl中LWP与WEB的基本使用
perl中LWP与WEB的基本使用 取自 PerlChina.org - wikiLWP 与 WEB 的基本使用翻 译：qiang审 校：klaus出 处：中国 Perl 协会原 名：Web Basics with LWP作 者：Sean M. Burke - Perl & LWP 作者(O'Reilly出版)原 文：http://www.perl.com/pub/
2014-10-30 20:05:44
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转载 SOLiD测序原理及实验流程
SOLiD测序原理及实验流程 SOLiD使用连接法测序获得基于“双碱基编码原理”的SOLiD颜色编码序列，随后的数据分析比较原始颜色序列与转换成颜色编码的reference序列，把SOLiD颜色序列定位到reference上，同时校正测序错误，并可结合原始颜色序列的质量信息发现潜在SNP位点。1. SOLiD文库构建 使用SOLiD测序时，可根据实际需要，
2014-10-29 14:53:09
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转载 Small RNA测序
背景：SmallRNA（小分子RNA）存在于真核生物细胞核和细胞质中，SmallRNA在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。SmallRNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的RNA分子，主要有两种类型的小分子RNA:一类是snRNA(small nuclearRNA),存在于细胞核中；另一类是scRNA(small
2014-10-13 16:12:57
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转载 差异表达与聚类分析
http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jn7v.html在鉴定出ncRNA后，我们如何推断其可能的生物学功能呢？首先对于miRNA等作用机制比较清楚的ncRNA，我们可以参考其作用机制，利用碱基互补等方式预测其靶标，并进而推断其生物学功能。然而,对于longnon-coding RNA等具体作用机制尚待明确的非编码RNA，这个方法就不适用了。
2014-10-13 16:04:45
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转载 RNA-Seq数据分析
从原始的数据开始，进行reads回帖，到拼接转录本，计算表达量，分析差异表达，最后可视化分析结果。 TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上，然后通过拼接，我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域，称为consensus,这些consensus可能是一个真的外显子，也有可能是几个外显子拼在一起的，或者一些别的情况。我们知
2014-10-13 15:09:32
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转载 Illumina Hiseq 2500型和2000型测序仪的比较
原文来自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_53e7471b0101bqw2.html仪器升级：Hiseq 2500是Hiseq 2000的升级版。其主要的改进点是：Hiseq 2500可以在快速、高通量两种模式之间切换。高通量模式就是原来的Hiseq2000的每张Flowcell有8个Lane的模式。Hiseq 2500的快速模式，
2014-10-08 20:36:38
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转载 RNA-seq差异表达分析工作流程
RNA-seq差异表达分析工作流程 原文地址： http://blog.sina.com.cn/s/blog_74cbb8e80101gqkc.html 需要使用到的工具：TopHatCufflinksSamtools参考：http://vallandingham.me/RNA_seq_differential_expression.html首
2014-10-08 20:35:54
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转载 Cufllinks的安装与使用
一. 简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二. 安装Cufflinks下载网页。1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$ tar jxvf bo
2014-10-06 22:55:43
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转载 查看linux系统版本是32位的还是64位的
一、[root@linuxzgf ~]#getconf LONG_BIT[root@linuxzgf ~]#getconf WORD_BIT（32位的系统中int类型和long类型一般都是4字节，64位的系统中int类型还是4字节的，但是long已变成了8字节inux系统中可用"getconf WORD_BIT"和"getconf LONG_BIT"获得word和long的位数。6
2014-10-04 09:47:14
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转载 Fastx-toolkit installation on Ubuntu
Fastx-toolkit installation on Ubuntu =====================================Tested on Ubuntu Server 9.10 amd64Prerequisites: pkg-config, gcc, wget Using APT, install gcc and pkg-config
2014-09-28 15:02:19
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转载 Blast使用
简介Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序
2014-09-28 11:02:51
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转载 FASTX-Toolkit 使用说明
警告：1:在安装该软件时候遇到，尤其时运行;make命令时候报错：“fgets called with bigger size thanlength of destinationbuffer”，请安装比较新版本，就解决了该问题。其它的基本上就按照网站上的说明一步一步做就可以了。（我用的是Ubuntu）2:如果在运行fastx_quality_stats过程中出现“fastx_quality
2014-09-28 10:30:30
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原创 vmware player开机时出错：内部错误的解决办法
vmware虚拟机开机时报错：内部错误的解决办法：找到vmware player的exe位置，右键管理员启动就可以了；以管理员启动后，可以和主系统交换文件：直接复制粘贴就Ok了。
2014-09-28 09:28:07
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转载 修改Python IDLE代码配色及语法高亮主题
初学Python，想必大家拿来练习最多的IDE就是Python自带的IDLE了，但是默认的代码配色及语法高亮主题确实很不适应，所以我们需要做个小小的美化，比如像下面这样我做的美化配置：HOW TO DO？别急，下面按我介绍的一步一步来就可以了，首先要找到名为config-highlight.cfg的文件，这个文件位于哪里呢？我列了一份可以找到它的路径清单：在Linux系列系统下
2014-09-27 21:07:30
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转载 英文简历中赞美自己的得体表达方式
Mature,dynamic and honest.思想成熟、精明能干、为人诚实。 Excellent ability of systematicalmanagement.有极强的系统管理能力。 Ability to work independent1y, mature and resourceful.能够独立工作、思想成熟、应变能力强。 A person wi
2014-09-27 16:09:50
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转载 Python version 2.7 required, which was not found in the registry
安装Biopython的时候，不能在注册表中识别出来python2.7在网上找了方法
2014-09-25 15:06:49
452
转载 BLAST2GO
记得在2年前用过blast2go，非常好用的序列注释和分析工具。可是后来重新装了几次JAVA的新版本之后电脑里的blast2go就挂了。最近重新把JAVA1.6装了回来，忍不住又想到blast2go。打开熟悉的主页上，猛击此处： 接着按需要选择下载： 然后就是启动…………久违的界面出现了…… 以下内容转自：http://hi.baidu.com/in
2014-09-24 22:39:30
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转载 Bowtie2使用方法与参数详细介绍
懒人必看Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \--un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []用法：bowtie2 [options]* -x {-1 -
2014-09-24 22:38:08
5481
转载 生物信息在线Manual网站
这是一个很不错的Manuals网站，主要针对生物信息学的研究人员，里面包括R、Bioconductor、NGS、EMBOSS、Linux等软件和系统的使用教程。如：R Basics ManualBioConductor ManualNGS Analysis with R/BioconductorNGS Analysis with Galaxy and IGV
2014-09-24 17:08:36
604
空空如也
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