批量从NCBI后台下载指定数据的Perl脚本

        最近需要在NCBI中下载所有Xanthomonas属菌株对应的gbk文件,由于NCBI前台gbk数据已经改版,故打算从后台ftp.ncbi.nlm.nih.gov下载。写了个Perl脚本用于批量下载NCBI后台数据,有这方面需求的同仁们可以参考。另外,多进程暂时未成功,后期再更改。

#!/usr/bin/perl
##################################################################################################
# NCBI_ftp_batch_fetch.pl
# 黄良博 huanglb0805@163.com
# 2015-3-25
# 用途:可用于在NCBI的后台ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Bacteria中下载某一个属对应的文件(gbk,fna,gbs,ptt等均可)。
# 下载Xanthomonas属中所有菌株的gbk文件和fna文件:
# perl $0 -g Xanthomonas -s gbk -s fna
# 注意:多进程暂时不能使用
##################################################################################################

use v5.16;
use warnings;
use Net::FTP;
use Cwd;
use Getopt::Long;
use Parallel::ForkManager;

my($genus,@suffix,$thread,$help);

GetOptions(
	"genus:s"	=>\$genus,
	"suffix:s"	=>\@suffix,
	#"thread:i"	=>\$thread
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NCBI(National Center for Biotechnology Information)是一个向公众提供生物技术信息的数据库和资源的机构。在NCBI的Sequence Read Archive(SRA)中,我们可以访问并获取到大量的高通量测序数据,其中包括SRR数据。 要批量下载SRR数据,我们可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先,我们需要在NCBI的网站上进入SRA数据库页面。这可以通过在浏览器中输入"SRA NCBI"来搜索并进入。 2. 在SRA数据库页面,我们可以使用不同的搜索选项来找到我们想要下载的SRR数据。我们可以根据物种、实验类型、测序平台等进行筛选。 3. 选择我们想要的SRR数据后,我们需要将这些数据添加到一个“购物车”或“文件篮子”中。这个功能可以帮助我们批量下载数据。 4. 在我们选择了所有需要下载的SRR数据后,我们可以点击购物车或文件篮子页面上的下载按钮。这个按钮通常带有一个下载箭头的图标。 5. 点击下载按钮后,系统将开始生成一个下载链接或下载文件。这个过程可能需要一些时间,具体取决于我们要下载数据量大小。 6. 一旦下载链接或文件生成完成,我们可以点击链接或下载文件来获取我们的SRR数据。这些数据将以压缩文件的形式提供,通常是以".tar"或".gz"的文件格式。 7. 最后,我们可以根据需要解压缩下载的文件,并使用适当的工具和方法来处理这些SRR数据。 总结起来,要批量下载NCBI的SRR数据,我们需要进入SRA数据库页面,搜索并选择我们需要的数据,将其添加到“购物车”或“文件篮子”,然后点击下载按钮来获取数据下载后的数据将以压缩文件的形式提供,我们需要解压缩并使用适当的工具来处理这些数据

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