单细胞数据库IMMUcan scDB

hx2024

于 2024-03-25 09:34:09 发布

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文章标签：大数据

本文链接：https://blog.csdn.net/hx2024/article/details/137002707

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Meta-Analysis of Human Cancer Single-Cell RNA-Seq Datasets Using the IMMUcan Database

介绍

IMMUcan scDB包含56种不同癌症类型的144个数据集，注释了包含精确临床、技术和生物信息的50个领域。数据处理管道的开发和组织分为四个步骤:（一）数据收集；㈡数据处理（质量控制和样本整合）；（iii）用TME的细胞本体分类器进行监督细胞注释；以及（iv）以癌症类型特异性或全局方式分析TME的界面。该框架用于以基因为中心（CXCL13）和细胞为中心（B细胞）的方式探索肿瘤位置的数据集，并进行荟萃分析研究，如对免疫细胞类型和恶性转化相关基因进行排序。这种集成的、可免费访问的、用户友好的资源代表了前所未有的详细注释水平，为人类癌症scRNA-seq数据的下游开发提供了巨大的可能性，用于发现和验证研究。

多种数据库介绍：

包括 scRNASeqDB （1）、SCPortalen （2）、PanglaoDB （3）和 JingleBells （4）。然而，只有两个数据库，CancerSEA和TISCH，专门用于托管肿瘤相关数据。CancerSEA 整合了来自 25 种癌症类型的 41,900 个单癌细胞（5），专注于识别与特定基因特征相关的功能状态。它结合了来自人类肿瘤的数据集，也结合了来自癌细胞系和患者来源的异种移植物的数据集。临床信息很少，仅限于肿瘤类型注释。TISCH 能够浏览来自人类（74 个数据集）和小鼠（5 个数据集）的癌症 scRNA-seq 数据集，以表征组成 TME 的各种细胞类型并分析靶基因和特征的表达（6）。临床注释仅限于肿瘤类型、原发性与转移性疾病以及治疗。数据库功能允许比较各种数据集中的细胞组成和靶基因表达。