单细胞数据库IMMUcan scDB

Meta-Analysis of Human Cancer Single-Cell RNA-Seq Datasets Using the IMMUcan Database

• DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-0074

• https://immucanscdb.vital-it.ch

• 代码（GitHub - ImmucanWP7/immucan-scdb）

介绍

IMMUcan scDB包含56种不同癌症类型的144个数据集，注释了包含精确临床、技术和生物信息的50个领域。数据处理管道的开发和组织分为四个步骤:（一）数据收集；㈡数据处理（质量控制和样本整合）；（iii）用TME的细胞本体分类器进行监督细胞注释；以及（iv）以癌症类型特异性或全局方式分析TME的界面。该框架用于以基因为中心（CXCL13）和细胞为中心（B细胞）的方式探索肿瘤位置的数据集，并进行荟萃分析研究，如对免疫细胞类型和恶性转化相关基因进行排序。这种集成的、可免费访问的、用户友好的资源代表了前所未有的详细注释水平，为人类癌症scRNA-seq数据的下游开发提供了巨大的可能性，用于发现和验证研究。

多种数据库介绍：

包括 scRNASeqDB （1）、SCPortalen （2）、PanglaoDB （3） 和 JingleBells （4）。然而，只有两个数据库，CancerSEA和TISCH，专门用于托管肿瘤相关数据。CancerSEA 整合了来自 25 种癌症类型的 41,900 个单癌细胞 （5），专注于识别与特定基因特征相关的功能状态。它结合了来自人类肿瘤的数据集，也结合了来自癌细胞系和患者来源的异种移植物的数据集。临床信息很少，仅限于肿瘤类型注释。TISCH 能够浏览来自人类（74 个数据集）和小鼠（5 个数据集）的癌症 scRNA-seq 数据集，以表征组成 TME 的各种细胞类型并分析靶基因和特征的表达 （6）。临床注释仅限于肿瘤类型、原发性与转移性疾病以及治疗。数据库功能允许比较各种数据集中的细胞组成和靶基因表达。

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基于细胞类型的 IMMUcan scDB 探索

选择数据集会直接打开一个面板，其中显示数据的 UMAP 可视化效果。在该图中，可以根据不同级别的注释对细胞进行着色。

页面底部会自动加载两个基因表，显示每种细胞类型每个基因的平均表达量，以及用户选择的细胞类型与数据集中所有其他细胞之间每个基因的差异表达水平。

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基于基因的IMMUcan scDB搜索

CXCL13 和 CXCL9 可用作检查点免疫治疗反应的预测性生物标志物 。作为以基因为中心的搜索用例，我们使用IMMUcan scDB来识别在不同癌症类型中表达这两种基因的细胞类型。

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识别与恶性转化相关的细胞类型频率的常见变化

在 11 种细胞类型中共发现了 705 个上调基因和 611 个下调基因，对数倍数变化差异大于 1，多重测试校正的 P 值为 0.001。

文献：

Meta-Analysis of Human Cancer Single-Cell RNA-Seq Datasets Using the IMMUcan Database