TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client

已于 2023-12-23 21:23:35 修改
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分类专栏： 肿瘤生信分析 文章标签： 数据挖掘
于 2023-12-23 20:08:50 首次发布
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使用网页端下载TCGA超过1G的病理wsi数据，数据下载到1G后就不能完整下载。遂采用gdc-client下载。

Win 环境下新建这个文件夹放在系统盘进行储存，否则会报错：ERROR: Unable to write state file: [WinError 17] 系统无法将文件移到不同的磁盘驱动器。好像是

TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总_gdc client error-CSDN博客

gdc-client软件及环境

下载GDC Data Transfer ToolGDC (cancer.gov)

安装到自己需要的位置，英文路径，Windows需要进行环境变量配置
打开电脑控制面板——系统和安全——系统——高级系统设置——环境变量——Path——“加入你的gdc-client所在路径” （点击放置gdc-client的文件夹名复制即可），然后应用保存。

TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载-CSDN博客

打开CMD命令行窗口输入  gdc-client -h  然后回车，成功将会显示：

gdc-client -h

Manifest及病理svs数据下载

将需要下载的数据从TCGA上加入购物车，然后下载Manifest.txt文件

将文件放置于配置环境变量及gdc软件的文件夹

然后右击选在→在终端中打开（cmd）输入“gdc-client download -m gdc_manifest自己的.txt”回车下载

gdc-client download -m gdc_manifest自己的.txt

现在即可下载超过1G的病理WSI文件。

接下来就可以使用qupath软件进行查看和分析

Projects — QuPath 0.5.0 documentation

TCGA的gdc-client的下载优化_gdc 下载没速度-CSDN博客

hx2024
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【TCGA】批量下载WSIs(GDC Transfer Tool-UI)
派大欣的实验笔记
03-01 1989
TCGA官网链接：https://portal.gdc.cancer.gov/由于目前TCGA改版了，如果不太适应新版本界面的，可以点击红色部分，回到第一版。下滑找到 “Data Transfer Tool”并点击。进入"Data Transfer Tool"子页面后，下滑找到 “GDC Transfer Tool page”并点击。进入“GDC Transfer Tool page”子页面后，下滑找到对应系统的下载文件列表。
【TCGA 2.0】选择病理图像数据并添加到购物车
最新发布
派大欣的实验笔记
08-15 575
可以根据自己的需求选择类型。如果有需要，可以进行筛选。添加之前，确认一下购物车中的数据是否是跟这次的数据一起下载，如果不是一起下载，需要先清空购物车。因为TCGA平台中的病理图像大多是svs格式的，所以首先使用数据格式进行筛选。部分选择open的数据。因为只有open的数据可以免费下载，有访问权限的数据比较麻烦。单击“Add All Files to Cart”，将数据添加到购物车。部分可以筛选出肿瘤病例。如果需要正常和肿瘤病例，这步可以不用筛选。填写自己想要保存的名称，并单击save键，保存操作。
TILs 评分：TCGA 肿瘤浸润淋巴细胞病理切片深度学习评分！图片下载与可视化
weixin_49214410的博客
08-15 1248
TCGA 数据库是最大的肿瘤组学公开数据库之一。尽管如此，更多的研究往往仅局限于关注 TCGA 中各类肿瘤样本的上游组学信息或基本病理特征，。▲早在 2018 年一篇的] 文章中，研究人员便针对 13 种 TCGA 肿瘤类型的 H&E 图像，使用卷积神经网络对图像块进行建模，预测了切片区域内肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的映射强度。▲由于13 种肿瘤的 TILs 评分都已经计算出来了，所以直接应用就好。: 乳腺癌 (Breast Invasive Carcinoma)
TCGA数据库中WSI图像的切割
weixin_52486108的博客
04-17 5254
病理学WSI组织学图像的分割
linux下载TCGA数据,使用gdc-client批量下载TCGA数据
weixin_39666782的博客
05-12 446
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集，当需要下载数据量较大的TCGA数据时，必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool该软件是一个命令行工具，支持windows, linux, mac OS多种操作系统，可以通过以下两种方法来下载文件1. Manifest...
TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载
热门推荐
Mr番茄蛋的博客
07-02 5万+
前言 本教程涉及内容： 1. TCGA网页数据下载，检索方式 2. gdc-client软件安装和配置 3. 使用gdc-client下载TCGA数据 本教程使用原生态的TCGA官方数据下载方式，比使用第三方的工具具有数据更新快，真实的特点，当然如果觉得麻烦可以使用第三方的一些工具，单对于想要真正了解TCGA数据库的人，还是使用原生态的TCGA方式。 TCGA改版后，下载方式变得大为不...
TCGA下载病理数据，文件太大无法完整下载
wuyang27的博客
03-04 1862
尝试了三种办法，直接下载、用官方软件gdc-client下载、R语言包下载，都失败了。都是超过一定大小就下载不完整无法正常打开或者R语言直接报错。求问有人碰到过类似的情况或者能提供解决的思路吗？
TCGA 数据库下载肿瘤样本病理切片FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）
weixin_49214410的博客
04-11 2623
2024年TCGA迎来改版，本文前面介绍的下载方式有一定变化。详见：https://mp.weixin.qq.com/s/q6XFdEBWRHDfIHi09suIFQ数字病理图像分析需要高质量的输入图像。虽然癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）中有大量可用的图像，但目前数据门户中提供的是冷冻标本，这些标本不适合用于计算分析。本文讨论了如何下载与相应病人对应的福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded，FFPE）切片。
tcga数据下载_从GDC下载最新的TCGA临床数据
weixin_39981681的博客
11-19 2826
本文从GDC直接获取TCGA数据，不同于cbioportal、Xeon等TCGA下载工具，GDC数据是实时更新的最原始的数据。下载数据GDC的综合数据下载页面为https://portal.gdc.cancer.gov/repository打开后可见页面如下所示，左侧为数据筛选区域，可以按照Files和Cases两种方式筛选，右侧上部分为所有数据的摘要图，右侧下部分(未显示)为所选的数据...
TCGA的gdc-client的下载优化
XIAOFEI@IDO
02-11 2434
1、背景 最近，在使用TCGA数据，需要从TCGA下载数据。当数据文件数量较少的时候，为了偷懒（其实也麻烦），可以一个一个的下载。但又有时候为了获取更多的数据，我们可以通过 gdc-client 程序，基于manifest进行批量下载。 问题来了：采用gdc-client（linus）/ gdc-client.ext（Windows）download -m gdc-manifest.txt下载的时候，时常中断？？？ 2、解决办法 修改 gdc-client download 的配置文件。 2.1 查看默认配
TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 临床数据下载
dxs18459111694的博客
05-27 1995
患者与临床信息是一对多的关系，即一个患者可能会接受多次化疗，因此，只能对单个表进行解析，使用。使用下面的代码可以获取所有 TCGA 项目的临床数据。还提供了一些用于查询、下载和解析临床数据的函数，查看具体包含的临床信息，有药物、随访、化疗等信息。由于这两个患者没有放疗信息，返回了。还有一些函数用过筛选临床样本，例如。我觉得还是直接从一些数据库中（如。），下载整理好的临床数据即可。如果我们想获取乳腺癌患者的。还可以获取其他临床信息，如。查看所包含的所有信息种类。获取其他项目的临床信息。
TCGA-UCEC-mRNA表达数据-子宫内膜癌表达及临床数据集整理
01-18
TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一项大型的国际合作项目，旨在通过全面分析多种癌症类型的基因组、转录组、表观遗传学和临床信息，来增进我们对癌症发病机制的理解。在这个特定的数据集中，关注的是子宫内膜癌...
TCGA-THCA-mRNA表达数据-甲状腺癌表达及临床数据集整理
01-18
TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一项大型的国际合作项目，旨在通过全面分析多种癌症类型的基因组、转录组、表观遗传学和临床信息，来增进我们对癌症发病机制的理解。THCA代表甲状腺癌（Thyroid Carcinoma），是...
linux下TCGA数据下载,用GDC-client下载TCGA数据
weixin_39639174的博客
05-12 1195
1.进入TCGA官网image.png根据需求勾选左侧的各种分类，一般先选cases，再选filesimage.png勾选完成后点manifestimage.png下载临床信息不改变cases的选择，清空files，只勾选data category 中的clinical，和data format中的xml，同样下载manifest文件在后续用下载得到的miRNA表达数据结合临床信息进行生存分析的时...
TCGA下载工具GDC-client Mac安装和路径设置
annlyuan的博客
06-04 2781
TCGA下载工具GDC-client Mac安装和路径设置 我第一次用TCGA数据库是2014年的事情了，兜兜转转几年下来，回头又需要TCGA，点进去发现大清都亡了（吐血的学习成本……），OK fine，来重新学习。我用的是Mac+zsh+iterm，比较烦的是找得到安装指导，Mac的配套教程相对少，且没有人说Mac绝对路径咋设啊，所以自己动手，这里提供两个方法： 安装包链接：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 使用说明：
新版TCGA数据转录组表达数据下载及整理（R语言）
weixin_52486108的博客
04-05 1万+
新版TCGA转录组数据整理——R语言（傻瓜式代码）
使用gdc-client批量下载TCGA数据
庐州月光的博客
06-11 953
欢迎关注”生信修炼手册”!GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集，当需要下载数据量较大的TCGA数据时，必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下https:...
TCGA之GDC-client工具下载安装与使用
better_strong的博客
03-24 7871
文章主要是对GDC-client工具下载TCGA数据库数据整个过程的一个记录 1.下载GDC-client工具 GDC-client工具网址：GDC Data Transfer Tool | NCI Genomic Data Commons (cancer.gov) 我这里下的是上图中红圈中的版本， 2.解压安装 从网上了解的是不能解压到带中文的路径里，解压后是一个.exe文件，为了能直接在cmd命令行下使用，将其加入系统环境： 点击新建之后，输入将文件解压到的路径，然后...
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