我的实验记录

最新推荐文章于 2022-05-06 12:30:57 发布

Hao222222222222

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现在终于有点明白为什么码农爱写博客了就像我们做实验要写实验记录一样博客就是他们的实验记录。

从今天开始我也做点儿实验记录

对了今天也是五年的第一天

good luck

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夕佑: 您好，用您提供的第二份代码做GB对FA的文件转换，转换出的有制表符和许多分割的引号，请问这个怎么解决呢[code=plain] > Homo sapiens : NC_000012 REGION: complement(25204789..25252093) ['atagctggga', 'tttaaattca', 'gctttattgg', 'tggtttatga', 'tgtggactag', 'aggaatggaa\n'] ['ctgaaagtct', 'cggaggaggg', 'gcgatcctat', 'caggtacagg', 'cgctgctttt', 'ccagccctca\n'] ['atcctcaaga', 'ctctcccaag', 'atacatttct', 'aggtagttta', 'tcaacacaga', 'ctccgggtat\n'] [/code]
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Hao222222222222 回复 Summer2085: 我的代码是用python写的。你需要把代码另存成.py文件，安装一个python客户端（https://www.python.org/downloads/），然后运行.py文件
生物信息脚本练习（1）找出fasta文件中大于500的序列
Summer2085: 我将您的转字典的代码另存为.pl文件在cmd命令提示符运行，好几处报错。我今天第一次接触perl，您可以帮我看看是什么问题不？我用的win10，安装的activeperl------"This is perl 5, version 26, subversion 3 (v5.26.3) built for MSWin32-x64-multi-thread (with 2 registered patches, see perl -V for more detail)". pl文件里的内容为： import os import re os.chdir("c:/Users/admin/Documents") def readfasta(filename): fa = open(filename, 'r') res = {} ID = '' for line in fa: if line.startswith('>'): ID = line#.strip('\n') res[ID] = '' else: res[ID] += line#.strip('\n') return res output = {} res = readfasta('500.fa') regex = re.compile(r'=\d+') for k,v in res.items(): m = regex.findall(k) for n in m: if int(n[1:])> 500: output[k] = v f = open("output.txt" , "w") for k,v in output.items(): f.write(k) f.write(v) f.close() [/code] 我的fa文件名为test，放在“我的文档”文件夹。运行报错如下： C:\Users\admin>Documents\1.pl Semicolon seems to be missing at C:\Users\admin\Docume

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