生物信息学习笔记整理

这篇博客整理了生物信息学中的实用代码和技巧,包括对字典排序、使用enumerate处理文件、正则表达式、读取fastq和fasta文件的方法,以及使用R语言和matplotlib进行数据可视化。
摘要由CSDN通过智能技术生成

做了不少练习,整理一下以前的经验。
主要是归纳一些模块化的东西,提取一些常用的函数还有一些小tricky

# split的用法
str = "Line1-abcdef \nLine2-abc \nLine4-abcd"
print (str.split( ))
print (str.split(' ', 1)) # 从头开始切一刀
list1 = [ [1,5,7], [10,3, 4], [6, 8, 5]]

# continue的用法
for list1_item in list1:
    for item in list1_item:
        print(item)
        if(item >= 10):
            print('10以上')
            break
    else:  
        continue
    break

对字典排序

# 方法1  据说这种方法更快 
from operator import itemgetter
d = {
  'a':2, 'b':23, 'c':5, 'd':17, 'e':1}
sorted(d.items(), key=itemgetter(1), reverse=True)
# 方法2
paixu = sorted(d.items(), key=lambda x: x[1],reverse = True)
# zip()可以把两个列表合成一个字典,顺序不变
#dictionary = dict(zip(index, cg_percentage))
格式化输出
percent3 = (
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