Fuji-ImageJ分割中央凹无血管区

最新推荐文章于 2025-03-19 21:21:20 发布
最新推荐文章于 2025-03-19 21:21:20 发布
阅读量2.2k 收藏 15
点赞数 1
分类专栏： Fiji 文章标签： java
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/icecreamdinner/article/details/116642787
版权
本文介绍了如何利用Fiji中的MorphoLibJ、BioVoxxel工具箱、Coloc 2等插件进行眼底图像的中央凹无血管区分割。详细阐述了各个插件的功能，如形态学过滤、图像分割、共定位分析等，并提供了下载和安装Fiji插件的方法以及ImageJ的菜单操作指南。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

目的：分割眼底图像中央凹无血管区
 

目录

常用插件：

MorphoLibJ

图像分割

BioVoxxel工具箱

Coloc 2

MaMuT

Trainable Weka Segmentation

图像拼接Stitching

Fiji插件下载与安装

ImageJ的菜单栏

Adjust

Process

Fiji-ImageJ知识整理--详细.xmind

xmind下载链接（初学文档）： https://download.csdn.net/download/icecreamdinner/18774609

下载链接：http://www.baidu.com/link?url=jwak7kkYImyLai8D4HFrwrSZKhOghlgLGtm_MmyMl3S&wd=&eqid=c86feacd002601b9000000026099e670

Fiji是在imageJ上捆绑了许多有助于科学图像分析插件的软件。

常用插件：

MorphoLibJ

该库实现了ImageJ中缺少的一些功能，而其他插件则没有或仅部分涵盖了这些功能。 即：

  • 形态学过滤 用于2D / 3D和二进制或灰度级图像的 ：腐蚀和膨胀，闭合和打开，形态学梯度和拉普拉斯算子，顶帽...
  • 形态重建 用于2D / 3D和二进制或灰度图像的 ，可快速检测区域或扩展的极值，去除边界，填充孔，属性过滤...
  • 分水岭分割 + GUI，可以分割（例如）细胞组织的2D / 3D图像。
  • 2D / 3D测量 ：光度（强度）和形态测量，例如体积，表面积，惯性椭圆/椭圆形...
  • 二进制/标签图像实用程序， 用于删除或保留最大的连接组件，执行尺寸打开，填充孔，消除边框

图像分割

https://github.com/ijpb/MorphoLibJ/releases

下载jar文件，复制到plugin中，重启imagej就能用了

 

最低0.47元/天 解锁文章
MorphoLibJ：ImageJ的数学形态学方法和插件的集合
02-11
MorphoLibJ 在创建的数学形态学方法和插件。 该库实现了ImageJ软件中缺少的一些功能，而其他插件没有或仅部分覆盖了这些功能。 即： 用于2D / 3D和二进制或灰度级图像的形态学过滤：腐蚀和膨胀，闭合和打开，形态学梯度和Laplacian，顶帽... 用于2D / 3D和二进制或灰度图像的形态学重建，可快速检测区域或扩展的极值，去除边界，填充Kong，属性过滤... 分水岭分割+ GUI，可以分割（例如）细胞组织的2D / 3D图像。 2D / 3D测量：光度（强度）和形态测量，例如体积，表面积，惯性椭圆/椭圆形... 二进制/标签图像实用程序，用于删除或保留最大的连接组件，打开尺寸，填充Kong，消除边框... 安装 在ImageJ中，将下载到plugins文件夹中。 在斐济，您只需要添加IJPB-plugins更新站点： 从斐济菜单中选择“帮助”>“更新.
Fiji（Fiji is just ImageJ）
07-27
ImageJ是一款基于JAVA开发的图像处理工具，Fiji（Fiji is just ImageJ）集成了更强大的图像处理功能。版本为windows 64位。
图像拼接（Image Stitching）
最新发布
shinuone的博客
03-19 1192
图像拼接（Image Stitching）：是一项计算机视觉技术，它将多张重叠的图像合并为一张更大、无缝的全景图或广角视图。该技术广泛应用于全景摄影、地图制作、医学影像处理、计算机视觉及增强现实（AR）等领域。
about FigureJ
taneijia的专栏
06-11 876
FigureJ是Jerome Mutterer (CNRS) and Edda Zinck (HTW)开发的ImageJ （Fuji）的Plugin。昨天杨老师给我演示了用FigureJ来进行图像的布局，感觉功能强大，印象深刻，但是有些地方不能满足我们的要求。研究一下应该如何修改提高。FigureJ介绍Fuji和Wiki都有FigureJ的介绍，在医疗图像处理方面应该是比较有知名度的。HomePag
Fiji/ImageJ的使用
qq_43369406的博客
05-20 1055
下载最新版本ImageJ（我的是ImageJ 2.14.0），导入lif文件，选择你需要处理的series；，参数默认生成hyperstack；这一步的作用是什么，为什么要生成hyperstacks？拖动slice参数和channel参数，挑选好你需要的slice number；选择两个channel，都使用。
Fiji（ImageJ增强版）安装与配置完全指南
gitblog_01267的博客
10-18 3573
Fiji（ImageJ增强版）安装与配置完全指南 fiji A "batteries-included" distribution of ImageJ :battery: 项目地址: https://gitcode.com/gh_...
ImageJ用户手册中文版
04-04
ImageJ用户手册中文版，共59页。详细介绍了ImageJ软件各菜单功能解释，是ImageJ软件一份很好的速查手册。
ImageJ用户手册——第二部分（ImageJ操作）
热门推荐
whitedrogen的博客
04-23 1万+
这部分介绍了ImageJ的一些基本知识，以便用户更有效地使用该软件。它还介绍了本手册中使用的一些重要术语和概念。如果您已经有效地使用了该程序，并且熟悉诸如。
开源图像处理软件ImageJ及Imlab
09-29
两款开源的图像处理软件，ImageJ180和imlab-3.1，可打开多种样式的图像文件，并对其进行简单的图像处理以及图像分析。其中imlab 较小，占6M左右，可以直接解压使用。ImageJ相对较大，80M左右，需要下载安装后使用，相对功能更加齐全。
Trainable_Segmentation-master.zip
01-03
fiji是包含image j软件主体和其插件的集合。此软件可以处理更多图像问题。 这是image j的插件Trainable_Segmentation-master。可使用一张图片进行自动学习，对图像进行分类裁剪以及获得相应基本信息，如面积大小数量。
Trainable Weka Segmentation：图像处理与机器学习的完美结合
gitblog_00832的博客
09-11 1438
Trainable Weka Segmentation：图像处理与机器学习的完美结合 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/Trainable_Segmentation 项目介绍 Trainable Weka Segmentation 是一个强大的Fiji插件和库，它将机器学习算法与图像特征提取技术相结合，实现了基于像素的图像分割。该项目利用了Weka（Wa...
ImageJ的大量插件
04-06
ImageJ是一个强大的图像处理与分析工具。ImageJ具有很强的扩展性,其已经有300多个插件可用。ImageJ也可以做为一个图像处理工具包,用于开发applets,servlets或其它应用程序。ImageJ是当前最快的纯Java图像处理程序。
Fiji —— 基于 imageJ 的免费且开源的图像处理软件
shinuone的博客
03-03 1989
Fiji（Fiji is just imageJ）：用于科学图像分析的 ImageJ 的 " 内置功能 " 发行版。它在 ImageJ 的基础上预装了大量常用插件和脚本，简化了安装和配置过程，特别适合生物图像分析。Fiji 还集成了更新管理功能，方便用户获取最新插件和工具。
ImageJ灰度值量化分析 实用技巧——免疫组化分析(定量分析篇)
生信小博士的博客
11-14 8504
该篇文章完整讲述了怎么利用进行免疫组化分析，补充了利用对阳性细胞进行自动统计。以后对于免疫组化分析，不必再过度依赖人工，可以通过软件的自动分析得到更加直观和稳定的数据。但前提是样品的制备、染色以及拍照时要注意避免假阳性。与此同时，在使用插件的时候要多思考，多研究，避免出现分析错误的情况。（例如，若不安装IHC Profiler的宏文件，得出的结果会完全相反）。推荐阅读介绍IHC Profiler的这篇文献[2]，以更深入地了解自动免疫组化分析的原理。四、补充（1）插件报错问题。
weka（训练测试数据集）
dujuancao11的博客
02-23 2519
使用不同的测试数据和训练数据很重要。 只有一组数据怎么办，把数据分为两部分 J48 不能直接选择use training set再重新开始，会产生误导性结果 只有一个数据集可以按照百分比分割（数据分割是随机的） 不同分割会带来不同结果。运行前wake会初始化随机数生成器，确保相同分割结果同。可以设置随机数修改相同分割的结果。 设置随机种子（做交叉验证或百分比分割） 输出分类器源代码 通过更改随机种子，多运行几次，再取平均值得到新的准确率，计...
Fiji Trainable Weka Segmentation 项目常见问题解决方案
gitblog_00864的博客
01-25 869
Fiji Trainable Weka Segmentation 项目常见问题解决方案 Trainable_Segmentation Fiji library to perform image segmentation based on the Weka learning schemes ...
Trainable Segmentation插件使用手册
gitblog_00421的博客
09-11 760
Trainable Segmentation插件使用手册 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/Trainable_Segmentation 项目概述 本项目基于GitHub的fiji/Trainable_Segmentation，是Fiji（一个增强版的ImageJ）中的一个重要插件，用于实现可训练的图像分割功能。它支持多种应用场景，包括边缘检测、语义分割...
ppt录制宏_ImageJ实用技巧——宏记录器(解放双手篇)
weixin_39978282的博客
12-06 3613
宏（Macro），就是一些命令组织在一起，作为一个单独命令完成一个特定任务。通俗地讲，就是将那些繁琐而且重复的工作告诉电脑，让它来帮你完成，从而大大提高了效率，节省大量的时间。平时我们最常用的Office系列，其实都有宏，只是大多数人很少用到，所以默认情况下处于隐藏状态。PPT中的宏大多数人不会用到宏，原因是处理的信息数量、步骤较少，学习宏的时间成本较大。而在真正处理生物的图像时，信息往往是海量的...
AI4S - AlphaFold: Monomer MSA 特征的源码(1) 教程
AGI
08-24 4964
AlphaFold 是基于深度学习的方法，可以根据氨基酸序列，预测蛋白质的三维结构。在 CASP 竞赛中，展示惊人的准确性，达到了原子级别的精度。AlphaFold2 的核心思想是利用 多序列比对(MSA) 和进化信息来构建蛋白质的特征表示，然后，使用一个 Transformer 模型来预测残基之间的距离和角度，最后，使用一个结构模块来优化和输出三维坐标。AlphaFold 的创新之处在于它能够端到端地训练和预测蛋白质结构，同时融合了物理和生物学的知识。AlphaFold 为蛋白质科学和生命科学领域，带来了
评论 4
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

icecreamdinner

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值