组内相关系数(ICC)在重复测量数据中的解释

重复测量数据建模与ICC我们以儿童的生长发育为例,对ICC在重复测量数据中的作用进行解释。
摘要由CSDN通过智能技术生成

重复测量数据建模与ICC

我们以儿童的生长发育为例,对ICC在重复测量数据中的作用进行解释。
例如我们重复随访了1500个儿童在分娩时、1岁、2岁的体重,进而分析儿童体重随年龄的变化趋势,则可以建立以下两水平模型:
yij=β0+Zj+β1age+εij

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组内相关系数ICC是衡量和评价观察者间信度和复测信度的信度系数指标之一。在Python,有多种方法可以实现ICC的计算,包括使用rpy2包、pingouin库和psych包等。其,rpy2包可以从Python使用R语言的函数,pingouin库提供了6种不同的ICC计算方法,而psych包则可以计算多种类型的ICC变体。以下是使用这三种方法计算ICC的示例代码: 使用rpy2包: ```python from rpy2.robjects import DataFrame, FloatVector, IntVector from rpy2.robjects.packages import importr from math import isclose # 安装并导入psych包和lme4包 psych = importr("psych") lme4 = importr("lme4") # 准备数据 values = [[9, 2, 5, 8], [6, 1, 3, 2], [8, 4, 6, 8], [7, 1, 2, 6], [10, 5, 6, 9], [6, 2, 4, 7]] df = DataFrame({'values': FloatVector([item for sublist in values for item in sublist]), 'rater': IntVector([i+1 for i in range(len(values))]*4), 'target': IntVector([j+1 for j in range(4)]*len(values))}) # 计算ICC icc = psych.ICC(df, "twoway", "agreement", 2) print("ICC值为:", icc[0][0]) ``` 使用pingouin库: ```python import pingouin as pg # 准备数据 data = pg.read_dataset('icc') # 计算ICC icc = pg.intraclass_corr(data=data, targets='Wine', raters='Judge', ratings='Scores', nan_policy='omit') print("ICC值为:", icc['ICC'][0]) ``` 使用psych包: ```python import rpy2 from rpy2.robjects import IntVector, pandas2ri from rpy2.robjects.packages import importr # 安装并导入psych包 psych = importr("psych") # 准备数据 values = rpy2.robjects.r.matrix(IntVector([9, 2, 5, 8, 6, 1, 3, 2, 8, 4, 6, 8, 7, 1, 2, 6, 10, 5, 6, 9, 6, 2, 4, 7]), ncol=4, byrow=True) # 计算ICC icc = psych.ICC(values) # 转换为Pandas DataFrame icc_df = pandas2ri.rpy2py(icc[0]) print("ICC值为:", icc_df['value'][0]) ```

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