ITK-snap医学图像标注方法(超级详细)——保姆级

本文详细介绍了医学图像处理软件ITK-SNAP的使用,包括下载、导入病例文件、窗口调节、套索和画笔标注方法,以及分割结果的保存步骤。

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医学图像标注说明

目录

标注软件:ITK-SNAP

官网下载

百度网盘下载:

1 初始界面

2 导入病例文件

方法一:

方法二:

3 窗宽窗位调节

4 数据标注

标注方法一:套索标注

标注方法二:画笔标注

5 分割结果保存


标注软件:ITK-SNAP

官网下载

ITK-SNAP Home (itksnap.org)

百度网盘下载:

链接:https://pan.baidu.com/s/1TLrlFDMMJkB6qe--Xw0-NA

提取码:0809

(按照流程安装即可)

1 初始界面

2 导入病例文件

方法一:

再点击open main image

打开相应文件路径下的 .dcm 文件即可(一个病例对应多个dcm文件,打开任意一个就会对应打开这个病例的所有dcm

打开过后的效果如下

方法二:

采用直接拖动的方式

将右边文件夹中其中一个.dcm文件拖拽到ITK-SNAP

选择Load as Main Image即可

3 窗宽窗位调节

纵隔窗可观察心脏、大血管的位置,纵隔内淋巴结的大小,纵隔内肿块及这些结构的比邻关系。

纵隔窗:

窗位30 Hu~50 Hu

窗宽300 Hu~500 Hu,

肺窗:

窗位-600 Hu ~ -800 Hu

窗宽1300 Hu~1700 Hu

在上述基本窗宽的基础上,若观察肺裂和肺血管,可调窄窗宽和调低窗位,对肿块形态,分叶,胸膜凹陷征,毛刺征增的观察肺窗比纵隔窗更为清晰。

先点击Tools,再点击Color Map Editor,出现以下画面,通过修改LevelWindow来调节窗位和窗宽。这里根据以上参考,设置窗位为40,设置窗宽为400(可以发现心脏各部分的轮廓很清晰)。

4 数据标注

画面大小可以通过按住鼠标右键拖动进行调整,左键调整画面位置。

标注方法一:套索标注

套索标注有两个选项,SmoothPolygon,推荐选用Smooth来进行拖动鼠标画取消,Polygon为给定关键点生成折线比较糙一些。画好外圈轮廓之后点击回车即可生成标注。选用一个方向的轴向图标注即可。

根据上图,选择好标注工具后,通过切换切片一张一张地进行标注(也可以通过滚动鼠标来切换),使用套索标注的例子(下面是放大之后的效果):

标注过程中,有两种方式,一种是通过长按鼠标左键进行标注;一种是通过不断单击鼠标左键进行标注。(具体感受一下就知道了)

对不同部位使用不同的标签,点击上图中的圈出位置,进行切换标签(颜色不同)。标注之后的效果如下:

为了方便标注,可以点击上图圈出的位置放大这个方向上的轴向图。效果如下

 在这里我连续标注了多张,只选择了两个区域,相当于用了两种标签,效果如下

容易发现三个方向的图都有对应的标签。通过点击下图圈出的update会生成3D的标签图:

标注方法二:画笔标注

这里只进行简单介绍,流程和上面的套索标注差不多

在这一功能中可以使用类似画笔工具对标注的mask进行修改,在这个功能下鼠标左键是画笔,鼠标右键是橡皮。可以通过brush stylebrush size调整笔头的形状和大小。

5 分割结果保存

在工具栏的Segmentation中选择 Save Segmentation Image,确定好路径(Browse选择保存路径)和名称(不能包含中文),点击Finish即可。也可以保存为其他格式供选择。

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