NCBI数据下载的几种方法

这一篇记录一下NCBI/Genbank数据库中批量下载数据的几种方法：

1、迅雷

将所有序列的下载链接整理在一起后在迅雷中创建下载，可以批量进行序列下载

注：不知道是电脑还是网络问题，有时候下载的超慢甚至连接不上

2、TBtools

首先准备好需要下载的序列号，将其放入一个text文件中

打开TBtools软件，点击Sequence  Toolkit

 

 点击Start，等待下载即可

3、利用Biopython下载

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##一条一条地下载基因序列
from Bio import Entrez,SeqIO
Entrez.email = "用户邮箱"
ids='序列的ID号'
hd_efetch_fa = Entrez.efetch(db='nucleotide', id=ids, rettype="fasta")
read_efetch_fa = hd_efetch_fa.read()
with open('保存数据的文件',"w") as file:
    file.write(read_efetch_fa)
    print(' finished!')

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##批量下载序列，序列号存放在download.txt文件中，下载下来的序列分别写入以1为起始名的fasta文件中
from Bio import Entrez，SeqIO

file_in_name="download.txt"
Entrez.email = '你的邮箱'
input_file=open(file_in_name,"r")
i=0
for record_id in input_file:##一行一行读取序列的ID号
    hd_efetch_fa = Entrez.efetch(db='nucleotide', id=record_id, rettype="fasta")
    read_efetch_fa = hd_efetch_fa.read()
    i=i+1
    with open(str(i)+'.fasta'', "w") as file:##将下载的序列顺序存放在以i=1为起始名的文件中
        file.write(read_efetch_fa)
        print('finished!')##每当一个序列下载完成就打印一次finished！

ok，静待后续继续补充