使用Python ete3包快速大批量地寻找物种的NCBI Taxonomy分类的完整信息(物种名和Taxid可进行相互转换)

ete全称为Environment for Tree Exploration，直译就是树探索环境，此工具可以直接在终端输入
pip install ete3 进行安装即可。ete包主要功能与构建系统发生树有关，若是有相关需求可以查看其介绍文档，地址：The ETE tutorial。我主要使用到了其中的分类工具，即处理NCBI 的Taxonomy数据库的工具。此工具用于物种信息和分类号的转换十分简便，使用时是根据NCBI的最新分类文件来运作的，因此分类信息十分可靠。

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下载升级数据库

ete3使用NCBI 的Taxonomy数据，因此需要首次使用时需要先下载数据。在应用中主要用到的是ete3包的NCBITaxa模块。首次使用NCBITaxa模块时会检测是否有分类数据存在，没有的话会自动下载。长期未更新时可以直接使用升级选项获取最新的分类数据。即：

from ete3 import NCBITaxa                       # 导入此模块
ncbi = NCBITaxa()
ncbi.update_taxonomy_database()                 # 升级

运行命令后显示如下，此文件taxdump.tar.gz来自于NCBI，网址为：htt