ADNI蛋白质数据集下载

于 2024-11-05 22:05:01 发布
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版权

（我发现这个网站最近又更新了界面，现在变得很好看很简洁，但是有一些入口变了）

1.官网链接

https://ida.loni.usc.edu/home/projectPage.jsp?project=ADNI

2.登录

选择ADNI（其实PPMI数据也是这样下的），没有账号的人根据其他帖子搞一个账号吧，不然是下不了的

3.Search Download

4.Biospecimen Results

（首先确定要下哪种类型的蛋白质，有血浆、脑脊液和尿液；然后不同的公司平台测试的人数和蛋白质种类也都不一样，这个要根据你的需求来找）

DoReMiiiiFa
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这是一种领先的最先进方法，它"重新添加面部"(使用通用合成面部替换参与者的面部和耳朵，而不是仅仅去除)，以减少对后续图像分析的影响。关于ADNI去面部处理的理由、验证和实施的详细描述可在本期的另一篇手稿中找到[Schwarz等人，ADNI-4中面部去识别(去面部)的实施和验证]。ADNI 1中的3D T1是在1.5T下获得的，而ADNI 2/GO和ADNI 3是在3T下获得的。ADNI 4 MRI协议在本期的另一篇文章中有详细描述(Arani等，ADNI MRI协议的设计和验证)，这里只做简要回顾。
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刚刚接触到这个数据集的时候比较头疼，用了好长的时间才把下载过程和预处理过程弄明白。需要发送电子邮件给官方平台，收到回信后才能够下载到数据集。 1、ADNI账号注册 第一步：搜索百度打开ADNI 第二步，点击ADTA&SAMPLES 第三步：一直将鼠标往下拉 点击ADNI，进入里面填写信息。需要填写的信息还是挺多的，耐心填写，再等到邮件回复就可以了 2、ADNI数据集下载 登录申请的邮...
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1. 申请访问权限 网页注册，填写基本信息即可（约4步），约一周通过，申请比较容易通过 申请通过后ADNI会向注册的邮箱发送邮件，邮件里有一个初次登陆链接，进入后更改密码 2. 登录账号 在IDA网页下载，登录 登陆账号后会多一栏菜单。 点击Download，再在下拉菜单选择Image Collection 默认界面在Data Collection，有默认的集合和自己创建的集合（类似于一个自建歌单） 3. 搜索Advanced Search 选择Advanced Search选项。 选择疾病种类，
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Tips：权限申请：访问 ADNI官网 根据提示按部就班来，不麻烦，一般几天就会发邮件审核通过，网上也有很多写申请教程的博客，可以搜来看看。 快速索引数据集下载0 概览1 筛选数据集1.1 自定义筛选 - Advanced Search1.2 ADNI共享数据集 - Data Collections2 下载数据集数据初步处理可视化处理数据加载数据预处理 数据集下载 0 概览 登录状态下访问官网： 点击红框指示部分后，进入如下界面： 继续点击选中部分： search：初级搜索 Advanced Sea
手把手式介绍 ADNI 影像数据下载
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1.搜索 1.1登录 打开ADNI的官网：http://adni.loni.usc.edu/，进入下面的界面。 点击 DATA&SMPLES 下的 ACCESS DATA AND SAMPLES，如下图。 页面跳转以后点击中间的“LOGIN”，这时会跳出一个新的界面，然后在右上角输入自己的帐号、密码即可。如果没有权限可以跳转到第2部分看看如何申请权限。 登录以后选择DOWNLOAD下的 Image Collections就是搜索下载影像数据，其他还有一些学习测试数据和遗传数据。 1.2 sea
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在数据下载步骤，我们首先要找到需要下载数据的文件夹，在文件夹中勾选出想要下载的数据，然后现在对应的CSV文件，最后点击下载或者分段下载，两个下载按钮的区别就是一个是把所有的数据打包下载，一个是把很多数据分成很多部分同时下载没建议选择分段下载速度更快。在最终的搜索界面中，我们可以看到部分的信息包括切片厚度以及对应厚度的人群数量，不同年龄段的人数以及成像参数，图像描述也就是成像参数部分差距较大，部分几乎没有什么差别，要注意区分选择。若没有账号则需要申请，大概申请需要一周以内的时间，快则两三天。
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### 下载 ADNI 数据集中 T1 和 T2 加权图像 为了获取所需的 T1 和 T2 加权图像，需访问 ADNI 数据库并遵循特定的选择标准： #### 访问数据库 前往 [ADNI 官方网站](https://adni.loni.usc.edu/) 注册账号并通过审核流程获得数据访问权限。 #### 使用 Image & Imaging Protocol 进行筛选 在查询界面中设置如下条件： - **Image**: 选择 MRI 类型下的 T1 和 T2 加权选项。对于希望同时拥有这两种模态的个体，应采用 AND 条件进行联合检索[^1]。 #### 特定于研究阶段的选择 考虑到不同阶段的研究设计差异，在 ADNI-GO/ADNI2 中，T1 加权成像是在 3T 扫描仪上完成的，并且增加了额外序列如 2D FLAIR 或者 T2* 加权成像作为补充[^2]。因此建议优先考虑此期间的数据以确保更高的分辨率和更丰富的信息量。 #### 处理多模态间的位置偏差 当处理来自同一患者的多个时间点或不同类型（例如 T1 vs. T2）的扫描时，可能会遇到轻微的位置变化问题。为了避免因重新采样带来的伪影影响后续分析质量，推荐先利用 FreeSurfer 的 `mri_robust_register` 工具对 T2 图像执行刚体变换使其与对应的 T1 对齐[^3]。 ```bash mri_robust_register --mov t2_image.nii.gz --dst t1_image.nii.gz --lta out.lta --satit ``` 上述命令实现了将指定的 T2 文件 (`t2_image.nii.gz`) 配准至目标 T1 文件(`t1_image.nii.gz`) 并保存转换矩阵到文件 `out.lta`.
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