Parallel-Meta Suite(PMS)是一个用于快速和全面的微生物组数据分析、可视化和注释的可交互软件套件。
一、安装步骤:
1.准备工作(根据自身情况选择root或用户)
# root用户
# R语言安装
apt install r-base-core
# 设置R包安装路径
R
install.packages("randomForest")
.libPaths()
# 普通用户
# R语言安装
sudo apt install r-base-core
# 设置R包安装路径
R
install.packages("randomForest")
yes
yes
.libPaths()
2.PMS安装
安装过程较长,中途可能卡住或报错,卡住后可以Ctrl+Z中止程序并重新安装。
https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite#installation-guide
# PMS安装包下载
wget http://bioinfo.single-cell.cn/Released_Software/parallel-meta/3.7/parallel-meta-suite-3.7-src.tar.gz
# 解压
tar -xzvf parallel-meta-suite.tar.gz
# 安装
cd parallel-meta-suite
source install.sh
# 示例数据测试
cd example
sh Readme
运行示例数据测试后得到error.log文件,根据error.log文件手动补充安装所需包。
3.补充安装所需包
# 手动安装randomForest包
# 进入storage目录
cd /storage
# 下载randomForest包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/randomForest/randomForest_4.6-14.tar.gz
# 安装randomForest包
R CMD INSTALL randomForest_4.6-14.tar.gz
# 重新安装ggplot2包
# 删除原有ggplot2包
cd /usr/local/lib/R/site-library
rm -rf ggplot2
# 进入storage目录
cd /storage
# 下载ggplot2包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_2.2.1.tar.gz
# 安装ggplot2包
R CMD INSTALL ggplot2_2.2.1.tar.gz
至此,PMS安装完成。
二、使用说明:
仅需一行命令即可运行
PM-pipeline -i seqs.list -m meta.txt -o output
运行完毕后打开output文件夹中index.html即可查看结果。
附:输入文件格式
1.seqs(样本序列):PMS可以接受fastq和fasta格式的测序数据。序列可以是扩增子测序序列也可以是宏基因组鸟枪法测序序列。
2.seqs.list(样本列表):含有多个样本的ID和测序数据文件的地址路径。第一列为样本的ID,第二列为每个样本测序数据文件的路径。
3.meta.txt(Meta信息):第一列为样本的ID,其他列为meta信息的项目。