Parallel-Meta Suite 安装及使用

Parallel-Meta Suite（PMS）是一个用于快速和全面的微生物组数据分析、可视化和注释的可交互软件套件。

Parallel-Meta Suite

一、安装步骤：

1.准备工作(根据自身情况选择root或用户)

# root用户
# R语言安装
apt install r-base-core

# 设置R包安装路径
R
install.packages("randomForest")
.libPaths()

# 普通用户
# R语言安装
sudo apt install r-base-core

# 设置R包安装路径
R
install.packages("randomForest")
yes
yes
.libPaths()

 2.PMS安装

安装过程较长，中途可能卡住或报错，卡住后可以Ctrl+Z中止程序并重新安装。

https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite#installation-guide

# PMS安装包下载
wget http://bioinfo.single-cell.cn/Released_Software/parallel-meta/3.7/parallel-meta-suite-3.7-src.tar.gz

# 解压
tar -xzvf parallel-meta-suite.tar.gz

# 安装
cd parallel-meta-suite
source install.sh

# 示例数据测试
cd example
sh Readme

运行示例数据测试后得到error.log文件，根据error.log文件手动补充安装所需包。

 

3.补充安装所需包

# 手动安装randomForest包
# 进入storage目录
cd /storage

# 下载randomForest包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/randomForest/randomForest_4.6-14.tar.gz

# 安装randomForest包
R CMD INSTALL randomForest_4.6-14.tar.gz

# 重新安装ggplot2包
# 删除原有ggplot2包
cd /usr/local/lib/R/site-library
rm -rf ggplot2

# 进入storage目录
cd /storage

# 下载ggplot2包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_2.2.1.tar.gz

# 安装ggplot2包
R CMD INSTALL ggplot2_2.2.1.tar.gz

至此，PMS安装完成。

 

二、使用说明：

仅需一行命令即可运行

PM-pipeline -i seqs.list -m meta.txt -o output

运行完毕后打开output文件夹中index.html即可查看结果。

附：输入文件格式

 

1.seqs(样本序列)：PMS可以接受fastq和fasta格式的测序数据。序列可以是扩增子测序序列也可以是宏基因组鸟枪法测序序列。

2.seqs.list(样本列表)：含有多个样本的ID和测序数据文件的地址路径。第一列为样本的ID，第二列为每个样本测序数据文件的路径。

3.meta.txt(Meta信息)：第一列为样本的ID，其他列为meta信息的项目。

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