国内网络环境安装QIIME2(100%成功)

安装QIIME 2的过程中遇到诸多问题，经过测试，总结了一套国内网络环境可用的安装方法。

以qiime2-2021.11为例，QIIME 2官方提供的安装方法如下：

# https://docs.qiime2.org/2021.11/install/native/
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2021.11 --file qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml

多数情况下，官方提供的安装方法在国内网络环境下会出问题，问题可分为下列两大类：

一、qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml文件下载不了

二、conda环境创建失败

原因及解决方法：

问题一：

原因：无法科学上网导致.yml文件无法下载。

解决方法：我为大家提供了几个版本的原始yml文件，大家可以自行下载使用。

qiime2.yml文件-Linux文档类资源-CSDN下载

问题二：

原因：

1.无法科学上网导致conda默认channels无法访问

2.conda包安装不支持断点续传，一旦卡住了或者超时需要重头再来

解决方法：

1.修改conda源

根据anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror 修改.condarc文件并清除索引缓存，修改完成后输入conda info查看是否修改成功。

2.安装Mamba(可提高Conda安装软件的速度)

# 进入base环境
conda activate

# 安装Mamba
conda install -c conda-forge mamba=1.0.0

# 检查是否安装成功(出现Conda版本则表明安装成功)
mamba -V

3.修改yml文件channels(修改为清华源)

以qiime2-2021.11版本为例，打开qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml文件修改channels内容。

# 修改前
channels:
  - qiime2/label/r2021.11
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

# 修改后
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  - defaults

4.安装QIIME 2

# 将官方安装方法中的conda修改为mamba
mamba env create -n qiime2-2021.11 --file qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml

出现报错。

根据报错删除qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml文件中  - perl-list-moreutils=0.413这一行。

再次安装即可成功安装。

mamba env create -n qiime2-2021.11 --file qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml

5.安装报错的包(perl-list-moreutils=0.413)

# 下载报错的包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64/perl-list-moreutils-0.413-1.tar.bz2

# 启动qiime2环境
conda activate qiime2-2021.11

# 安装报错的包
conda install --use-local perl-list-moreutils-0.413-1.tar.bz2

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至此，QIIME 2安装完成。