GWAS(1)全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies, GWAS)汇总

已于 2023-04-28 16:42:58 修改
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于 2023-04-18 15:42:28 首次发布
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本文汇总了GWAS（全基因组关联研究）的相关资源，包括入门文献、软件安装和分析流程。推荐的入门文献有三篇，分别提供了GWAS的基础概念、分析流程和多基因风险评分教程。涉及的软件有plink 1.07和1.9，提供了Linux服务器上的安装教程。分析流程方面，给出了GWA和PRS的教程链接。
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GWAS汇总

1. 入门文献

【1】Marees A T, de Kluiver H, Stringer S, et al. A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality control and statistical analysis[J]. International journal of methods in psychiatric research, 2018, 27(2): e1608. DOI:https://doi.org/10.1002/mpr.1608

可以看做GWAS分析教程。文章中解释了GWAS相关的一些概念，介绍了GWAS的分析流程，并提供了GWAS分析的脚本。 

【2】Choi S W, Mak T S H, O’Reilly P F. Tutorial: a guide to performing polygenic risk score analyses[J]. Nature protocols, 2020, 15(9): 2759-2772. DOI:https://doi.org/10.1038/s41596-020-0353-1

多基因风险评分PRS教程。 

【3】Uffelmann E, Huang Q Q, Munung N S, et al. Genome-wide association studies[J]. Nature Reviews Method

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Junbo_Just_Jia
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GWAS——Genome-Wide Association Study
勇敢的人先享受世界
01-27 2151
GWAS基于统计学的关联分析方法，将个体的基因型与表型特征进行关联分析，以发现影响表型变异的基因变异。GWAS的应用范围广泛，已经发现了超过10万个与各种疾病（如癌症，高血压，II型糖尿病，类风湿性关节炎等）以及重要生理性状关联的基因位点。一些遗传性疾病和表型特征可能是由于特定的基因变异位点引起的，通过GWAS可以发现这些基因变异位点，并了解它们对人类进化的影响。GWAS对人类进化研究有着重要的贡献。通过GWAS，研究人员可以检测到人类基因组中的变异位点，并了解这些变异位点在不同人群中的分布情况。
翻译：Genome-wide association studies: potential next steps on a genetic journey
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Genome-wide association studies: potential next steps on a genetic journey 全基因组关联研究：基因之旅的潜在下一步 Genome-wide association studies have successf...
《Genome-Wide Association Studies》第一章：GWAS分析的主要步骤和关键要点
邓飞----育种数据分析之放飞自我
09-08 332
这几天看过一遍了，觉得干货很多，有很多知识点的连通，弄懂了之前是是而非的概念，收获很大。我觉得阅读一本书，如果把刚读懂的输出写篇文章，或者把没有搞懂的内容写出来交流一下，是掌握知识的快捷方法。大家好，我是邓飞，之前推荐过这本《Genome-Wide Association Studies》的书籍，2022年出版的，内容比较前沿。QTL都是人工群体，有高度的LD衰减，所以需要比较少的标记就可以。SV也可以变为主等位纯合、杂合、次等位纯合的格式，编码为0-1-2的格式，用GAPIT分析完全没问题。
全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）20210313更新版
wendy_milk的博客
03-14 6741
时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的你们~ by 橙子牛奶糖（陈文燕） 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程开始，再去看原理。 为什么这么说呢，因为对于初学者来说，跑流程就像一个大黑洞，学习原理就像一个小黑洞。 很多人花了好几个月的时间在看原理，一旦丢给他数据去分析，依旧束手无策。 不会跑流程，内心依旧会很恐慌。就像从来没有入门一样。
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转载：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/全基因组关联分析流程：一、准备plink文件1、准备PED文件PED文件有六列，六列内容如下（PED文件是空格（空格或制表符）分隔的文件）2、准备MAP文件MAP文件有四列3、生成bed、fam、bim、文件输入命令plink --file mydata --out mydata --make-bed注：plink指的是pl...
Benefits and limitations of genome-wide association studies GWAS--益处和局限性
wangprince2017
11-14 1039
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06-09
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2021-July-Genome-Wide-Association-Studies:学习执行从设计到分析的成功 GWAS 实验
08-04
全基因组关联研究 2021 年 7 月 19 日 - 2021 年 7 月 23 日，每天上午 9 点 - 下午 5:00。 在线学习 联系 - 加州大学戴维斯分校生物信息学核心， ucdavis.edu 学习执行从设计到分析的成功 GWAS 实验。 这个为期五...
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