峰情万种_Enhancement of Peak Visual

作者：李誉辉  

四川大学在读研究生

简介：
笔者在学术生涯中，经常遇到谱线的处理，如DSC，XRD，FIR的谱线。
传统的做法是使用Origin软件进行处理，但是Origin的配色不够赏心悦目。
而且对于批量数据的处理，实在是繁琐。恰巧学了R可视化，于是果断抛弃Origin。
本次教程，将着重介绍谱线的处理，包括基线拟合和扣除，峰的填充，峰面积计算。
还有峰值标定，让你的谱线耳目一新，在这个看脸的时代，图好文一半。
看完本次教程，希望各位看官点个好看，祝大家科研顺利，多发Paper。
本次教程主要涉及到的包：
ggplot2,dplyr,ggpmisc,quantmod,purr,magrittr,basicTrendline 。

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1 数据预处理

这里笔者以以前的DSC数据为例。
DSC数据，时间变量Time单位是分钟，通过时间来初步截取数据，
横坐标对应的变量是Sample Temperature,
纵坐标对应的变量是Unsubtracted Heat Flow。

1.1 数据截取

绘图：

1.2 数据标准化

根据时间筛选升温阶段的数据， 再舍弃两头波动较大的数据。

绘图：

1.3 标记峰/谷

使用ggpmisc出来很多峰，有重影。故使用quantmod包中的 先找峰，再找谷。根据范围对峰/谷进行筛选，如果是总体下降型曲线，则先找谷，再找峰。
所谓找峰，找谷，就是根据curve的特点，找到特定波峰，波谷的位置。

S_temp <dbl>	Heat_flow <dbl>	group <chr>
166.591	46.86436	B1
167.045	49.37465	B2
165.958	36.18742	B3
164.004	45.39948	B4
163.825	34.58791	B5

S_temp <dbl>	Heat_flow <dbl>	group <chr>
172.729	41.40188	B1
173.362	40.57349	B2
172.645	28.26953	B3
170.629	38.66760	B4
170.995	28.36577	B5

绘图：

1.4 基线扣除

许多表征手段中，为了只显示数据的波动情况，
都涉及到基线的拟合，然后扣除基线，
这样就排除了其它无关因素的干扰。
基线拟合要根据基线的特定来确定拟合的模型。
这里我们发现该curve的波峰两端似乎近似成一条直线，或曲率较小的二次函数。
波峰的起始位置大概从130开始。波峰的结束位置靠近于波谷谷点。

绘图：

1.5 单位质量化

很多时候，curve峰值大小与样品的浓度或质量相关。
这时候，就需要对curve进行单位质量处理。
原理就是curve的纵坐标值除以样品的有效质量或浓度。

绘图：

1.6 线条分离

上述图形，线条重合比较多，为了便于观看，依次将各个curve的纵坐标向上偏移若干个单位。
偏移量需要手动调整，一次次尝试，这里笔者仅仅展示尝试最终的结果。

绘图：

1.7 更新峰尖坐标和波谷坐标

应该刚刚经过基线处理，单位质量处理，线条分离等操作，峰尖和波谷坐标已经发生了变化。
但是横坐标没有变化，只需要更新纵坐标。

2 视觉增强

2.1 主题美化

采用SCi常见的要求，4个坐标轴线条，因为进行了线条分离，纵坐标的刻度文本已经没有必要了。 所以隐藏纵坐标刻度文本。如果读者的paper有其它要求，也可以自定义。

2.2 输出到PPT

使用export包可以输出到office, 输出新式为office文件，可以使用追加选项。
输出后，通过取消组合，就能用矢量化修改元素。
但是文字的输出，有些别扭。

2.3 峰面积可视化

峰面积可视化，首先要对峰的基线进行拟合，注意区分，不是curve的基线。
这样就能将峰围成一个多边形区域，进行多边形区域颜色填充和面积计算。

2.3.1 拟合峰baseline

峰的基线拟合，可以有2种方式，一是对峰两侧的curve进行拟合，
根据拟合方程，求出峰的横坐标对应的纵坐标。
而是从峰的起点和结束点画一条直线，根据2点确定一条直线的原理确定峰的基线。
笔者这里仅仅输出第一种方法，第二种仅给出代码。

2点确定一条直线： (牛顿差商公式)。

2.3.2 峰面积计算

这里我们采用rgeos包进行峰面积计算，如果读者有其它的方式，也可以采用，欢迎留言。

刚刚已经计算得到面积了，现在还需要将面积和峰尖坐标融合， 以用geom_text()进行标记。

S_temp <dbl>	Heat_flow <dbl>	group <chr>	area <dbl>
166.6	1.243640	B1	14.2
167.0	2.787298	B2	14.8
166.0	4.300952	B3	14.8
164.0	5.853463	B4	14.7
163.8	7.391237	B5	15.4

S_temp <dbl>	Heat_flow <dbl>	group <chr>
130.004	0.02355421	B1
130.025	0.02345703	B1
130.037	0.02361300	B1
130.058	0.02349546	B1
130.075	0.02342725	B1
130.091	0.02349322	B1

绘图：

## png 
##   2

2.3.3 geom_polygon峰填充

峰面积可视化的介绍就告一段落，接下来介绍ppmisc包，
里面有一些非常有用的函数，谱线处理非常方便。

3 ggpmisc包_峰情万种

ggpmisc可以对数据点进行拟合，并返回函数模型，模型参数。
可以多种方式标记峰，标记谷。使用方法比较简单，这里仅仅简单介绍。
详细的可以点开后面的参考来源。
当然最关键的是ggpmisc与ggplot2的结合非常方便。

3.1 stat_peaks与stat_valleys标记峰/谷

前面的DSC数据之所以不用ggpmisc标记峰/谷，是因为存在很多肉眼看不见的小峰。

3.2 stat_poly_eq多项式拟合

首先编造数据：

3.3 stat_fit_tb添加模型参数表

3.4 stat_fit_deviations残差拟合

前面的拟合图形都没有展示残差分布，stat_fit_deviations可以用棒棒糖的形式展示残差。

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参考来源：

• 摄氏度解析
  

• 坐标轴符号解析
  

• R Integrate Peaks
  

• Shaded area under two curves using R
  

• ggpmisc教程
  

• ggpmisc标记峰
  

• 计算面积
  

• 求2条曲线的交点

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