CUDA 六 从并行排序方法理解并行化思维——冒泡 归并 双调排序的GPU实现

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在第五讲中我们学习了GPU三个重要的基础并行算法： Reduce, Scan 和 Histogram，分析了  其作用与串并行实现方法。 在第六讲中，本文以冒泡排序 Bubble Sort、归并排序 Merge Sort 和排序网络中的双调排序 Bitonic Sort 为例， 讲解如何从数据结构课上学的串行并行排序方法转换到并行排序，并附GPU实现代码。

在并行方法中，我们将考虑到并行方法需要注意的特点进行设计，希望大家在读完本文后对GPU上并行算法的设计有一些粗浅的认识。需注意的特点如下：
1. 充分发挥硬件能力（尽量不要有空闲且一直处于等待状态的SM）
2. 限制branch divergence（见CUDA系列学习（二））
3. 尽量保证内存集中访问（即防止不命中）

( 而我们在数据结构课上学习的sort算法往往不注意这几点。)

CUDA系列学习目录：

CUDA系列学习（一）An Introduction to GPU and CUDA

CUDA系列学习（二）CUDA memory & variables - different memory and variable types

CUDA系列学习（三）GPU设计与结构QA & coding练习

CUDA系列学习（四）Parallel Task类型 与 Memory Allocation

CUDA系列学习（五）GPU基础算法: Reduce, Scan, Histogram

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I. Bubble Sort

冒泡排序，相信大家再熟悉不过了。经典冒泡排序通过n轮有序冒泡(n为待排序的数组长度)得到有序序列， 其空间复杂度O(1), 时间复杂度O(n^2)。

那么如何将冒泡排序算法改成并行算法呢？ 这里就需要解除一些依赖关系， 比如是否能解除n轮冒泡间的串行依赖 & 是否能解除每一轮冒泡内部的串行依赖， 使得同样的n^2次冒泡操作可以通过并行， 降低step complexity。
1996年， J Kornerup针对这些问题提出了odd-even sort算法，并在论文中证明了其排序正确性。

I.1 从Bubble Sort到Odd-even Sort

先来看一下odd-even sort的排序方法:

图1.1

上图为odd-even sort的基本方法。 
奇数步中， array中奇数项array[i]与右边的item(array[i + 1])比较；
偶数步中， array中奇数项array[i]与左边的item(array[i - 1]) 比较；

这样，同一个step中的各个相邻比较就可以并行化了。

PS： 对于array中有偶数个元素的数组也是一样：

图1.2

I.2 Odd-even Sort复杂度

在odd-even sort的算法下， 原本O(n^2)的总比较次数不变，但是由于并行，时间复杂度降到O(n), 即

step complexity = O(n)
work complexity = O(n^2)

code详见 < Bubble sort and its variants >

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II. Merge Sort

看过odd-even sort后，我们来看如何将归并排序并行化。数据结构课上我们都学过经典归并排序： 基于divide & conquer 思想， 每次将一个array分拆成两部分， 分别排序后合并两个有序序列。 可以通过 T(n)=2T(n/2)+n 得到， 其complexity = O(nlogn)。 和I.1节类似， 我们看看merge sort中的哪些步是可以并行的。

这里可以将基于merge sort的大规模数据排序分为三部分。 经过divide步之后， 数据分布如图所示：