柱状图显著性标记

已于 2024-06-08 17:43:03 修改
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分类专栏： 转录组数据分析 R语言精美图形绘制教程 文章标签： 数据库 R语言 R语言绘图 科研绘图 生物信息学 柱状图 显著性
于 2024-06-08 17:07:19 首次发布
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本期教程原文：使用最简单方法添加显著性ggsignif包

本期教程

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小杜的生信笔记，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是R语言绘图教程、转录组上游分析、转录组下游分析等内容。凡是在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。

往期教程部分内容










最低0.47元/天 解锁文章
用R语言绘制带有显著性字母标记的柱状图
DevForge的博客
08-19 1574
然后，我们使用ggplot2创建一个柱状图，其中x轴表示处理组，y轴表示数值，并根据处理组进行着色。然后，我们使用TukeyHSD函数计算不同组之间的显著性差异，并将结果存储在posthoc对象中。最后，我们使用geom_text函数在柱状图上添加显著性字母标记，将标记文本设置为multcompLetters(posthoc$Group)。在科学研究中，经常需要在柱状图上标注显著性差异，以帮助读者快速理解数据结果。运行以上代码后，我们将得到一个带有显著性字母标记的柱状图，用于展示不同处理组之间的差异。
R_柱状图（加误差线，显著性差异）
wt141643的博客
01-22 2万+
先放最终效果图 结果图 # bar_plot 2021/01/19 # 导入所需的包 library(ggplot2) library(ggthemr) library(ggsignif) library(tidyverse) library(dplyr) library(ggpubr) library(devEMF) # 导入并处理数据,需要两张表，一个是原始汇总表格，另外一些是每一...
Matlab绘制柱状图（含显著性差异*）
weixin_46271668的博客
10-20 6920
matlab绘制各式各样的柱状图，matlab源代码
ggplot2画带误差线、显著性标记柱形图
weixin_47634487的博客
09-22 866
【代码】ggplot2画带误差线、显著性标记柱形图。
R语言 | 使用ggplot绘制柱状图，在柱子中显示数值和显著性
BioinfoDu
06-28 1901
基于ggplot绘制柱状图，小技巧，很基础的图形。但是，越到后面，会发现，越是基础的图形，我们使用的频率越高。今天的教程是基于发芽指数来绘制，我们模拟一个发芽数和天数，计算出发芽指数。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!（PS：在社群中，可获得往期和未来教程所有数据和代码）（PS：在社群中，可获得往期和未来教程所有数据和代码）若我们的教程对你有所帮助，请。，这是对我们最大的支持。
R语言 | 使用最简单方法添加显著性ggpubr包
BioinfoDu
06-08 979
主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。获得本期教程代码和数据，在后台绘图关键词：20240605。获得本期教程代码和数据，在后台绘图关键词：20240605。，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是。若我们的教程对你有所帮助，请。，这是对我们最大的支持。
python绘制带有显著性差异的柱状图
pengbr的博客
07-21 4874
有的时候看文献会发现柱状图上标记有不同的字母，这其实是使用字母表示法来代表不同组之间的差异，不同的字母表示具有显著性的差异，相同的字母表示没有显著性差异。2、进行多重比较：如果ANOVA结果表明组间存在显著性差异，接下来进行多重比较测试，以确定哪些具体的组之间存在差异。字母标记法直观、清晰，可以有效地在图表或表格中展示复杂的比较结果，使得读者能够快速理解哪些组之间存在显著性差异。1、进行统计测试：首先，对数据进行适当的统计测试（如ANOVA），以确定组间是否存在显著性差异。
跟着Nature Communications学作图：纹理柱状图+添加显著性标签！
R酷的数据科学笔记
11-01 2099
跟着NC学作图：纹理柱状图+显著性添加！
R语言入门—柱状图（带显著性字母）
m0_70969930的博客
03-05 2901
使用R语言内置的iris数据集，分析不同的物种间萼片宽度的显著性并绘制柱状图。
利用seaborn、statannotations库绘制显著性标注
知识搬运者
04-10 4576
如何使用Python-SeabornSeaborn进行显著性统计图表绘制，详细内容如下： ​样例一： ​样例二： ​样例三：如果针对组间数据进行统计分析，可以设置pairs参数据如下： 案例四：自定义显著性 在安装的statannotations库文件夹下找到 PValueFormat.py文件并打开找到下面这个函数，你可以通过修改这个函数添加自己想要的标识效果
柱状图中显示显著性和数值
BioinfoDu
06-28 1263
基于ggplot绘制柱状图，小技巧，很基础的图形。但是，越到后面，会发现，越是基础的图形，我们使用的频率越高。今天的教程是基于发芽指数来绘制，我们模拟一个发芽数和天数，计算出发芽指数。
r语言 柱状图加星号_R语言绘制带有显著性字母标记的柱状图
weixin_39795971的博客
01-17 3476
新年快乐Tao Wen2019年1月6日引子想想看，人生不觉得过了好多，事情还是需要简单的做。library(tidyverse)library(agricolae)library(car)library(reshape2)需求在很多时候，我们的需求其实很简单，做一个数据描述，方差分析和基本图形的展示； 在做方差分析之前，我们需要对数据进行正太检验，方差齐性检验。方差分析之后，我们做多重比较。我们...
R语言ggplot2柱状图箱线图怎么快速添加显著性？R语言简单易懂一条代码绘制出图？R语言帮助去除异常值？——一网打尽R语言简单绘图（easyplot包）使用说明
qq_73427396的博客
12-29 1416
运行下列代码即可安装easyplot包: ps：建议提前安装好依赖的包，运行下列代码即可安装依赖包： 二、easyplot包的函数 2.1 lsdd函数 2.1.1 参数 data 输入的数据，第一列必须为不同处理的名称，第二列为观察值，此外确保没有其他的列。 alpha 显著水平，常选择0.05或者0.01。 method 选择统计方法，如果每个处理的重复大于3则可以等于”more“，这样函数将使用三倍标准差法去除每个处理的重复中的异常值，基于去除异常值后的数据给出平均值、标准差，然后再
使用graph pad 给统计柱状图加星号
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不积跬步，无以至千里
08-23 8万+
转自：http://www.dxy.cn/bbs/topic/27451034 http://www.dxy.cn/bbs/thread/38522311#38522311 http://www.dxy.cn/bbs/thread/38522311#38522311 https://jingyan.baidu.com/article/a501d80cf441c2ec630f5ed2.html...
柱状图+散点+误差棒（errorbar）+差异显著性检验（Python或者R语言）（T检验&F检验）（原理+代码）跟着子刊学配色
weixin_53705272的博客
07-15 2946
虽然还是有5%机会出错(1-0.05=5%)，但我们还是可以「比较有信心」的说：目前样本中这情况(两地土壤pH差异 情况)不是巧合，是具统计学意义的，「总体中没差别」的虚无假设应予拒绝，简言之，总体应该存在著差异。2.加误差棒和差异显著性检验差不多，因为取平均或者中值画出的柱状图太过于泛化，忽略了很多影响（比如我的处理中，平均值画出的柱状图差距很大，但是通过统计检验发现差异不显著，这可能受到极差等的影响）两地土壤的pH均数并不相同，但这差别是否能推论至总体，代表总体的情况也是存在著差异呢？
origin柱状图+误差+显著性差异abc
moonlightpeng的博客
10-05 1815
origin柱状图+误差+显著性差异abc_哔哩哔哩_bilibili
在R语言中使用标记进行显著性标记
CodeMaven的博客
08-19 3184
星号标记法是一种常见的显著性标记方法，它使用星号来表示显著性水平的不同。通常情况下，我们使用单个星号表示p值小于0.05（显著性水平为5%），使用两个星号表示p值小于0.01（显著性水平为1%）。除了上述两种方法外，还有其他一些方式可以进行显著性标记，如使用字母标记法（如a、b、c）或使用颜色标记法（如红色、绿色、蓝色）。除了使用星号标记法外，我们还可以使用显著性水平标记法来表示显著性水平的不同。在上述示例中，我们执行了与前面示例相同的t检验，并根据p值进行显著性标记。在R语言中使用标记进行显著性标记。
graphpad做图如何加星号_如何用R画分组柱状图并且添加标准差和显著性标记（星号）？...
weixin_39719078的博客
12-20 1万+
时间过了这么久，该交一份答案了。ggplot2包 是一个图形可视化包，并不带统计分析功能，所以统计学分析需要另外去做。这里加bar和显著性标识，如果了解ggplot2绘图原理中的图层概念的话，就能明白，无非就是在画完分组柱状图后，根据需要自己用ggplot2在图片上画几条折线，加几个星号而已。这里我用一种geek一点的方法，类似后期在AI中添加的笨办法开始画图首先我们创造一个看起来有差异的数据，为...
卡方T检验的计算公式_精选|异方差太难？检验通不过？横截面分析难题的十大暴击！...
weixin_39687990的博客
11-20 1632
转载：计量与统计横截面数据是在同一时间，不同统计单位相同统计指标组成的数据列。横截面数据不要求统计对象及其范围相同，但要求统计的时间相同。也就是说必须是同一时间截面上的数据。在分析横截面数据时，应主要注意两个问题：1.异方差问题。由于数据是在某一时期对个体或地域的样本的采集，不同个体或地域本身就存在差异2.数据的一致性问题。主要包括变量的样本容量是否一致、样本的取样时期是否一致、数据的统...
R语言分组柱状图显著性
最新发布
01-13
### 创建显示统计显著性的分组条形图 要在R语言中创建带有显著性标记的分组条形图，可以利用`ggplot2`包的强大绘图功能，并结合其他辅助包如`ggsignif`来标注显著性。以下是具体实现方法： #### 所需软件包安装与加载 首先确保已安装并载入必要的库： ```r install.packages(c("ggplot2", "ggsignif")) library(ggplot2) library(ggsignif) ``` #### 数据准备 构建一个简单的数据框作为例子，该数据框包含两个因子变量（Group, Subgroup）和一个连续型响应变量(Value)，这有助于理解如何处理实际研究中的多维分类数据。 ```r set.seed(123) # 设置随机种子以便结果可重复 df <- data.frame( Group = factor(rep(c('G1', 'G2'), each=8)), Subgroup = rep(factor(paste0('S', 1:4)), times=4), Value = c(rnorm(n=8, mean=5), rnorm(n=8, mean=7)) ) head(df) # 查看前几行数据结构 ``` #### 绘制基础分组图表 使用`ggplot()`初始化图形对象，并通过指定aes映射参数定义各维度对应关系；接着调用`geom_bar(stat="identity")`绘制直方柱体部分。 ```r base_plot <- ggplot(data=df, aes(x=Subgroup, y=Value, fill=Group)) + geom_bar(position='dodge', stat="identity") print(base_plot) ``` #### 添加显著性测试及其注解 为了评估两组间是否存在统计学意义上的差异，可以在同一张图表上加入成对比的结果。这里采用`t.test()`执行独立样本T检验，并借助于`stat_compare_means()`自动完成P值计算及格式化输出。最后运用`geom_signif()`向选定区域添加星号或其他形式的重要程度指示符。 ```r final_plot <- base_plot + stat_compare_means(aes(label=p.signif), method="t.test", comparisons=list(c("G1", "G2")), label.y=nrow(unique(df$Value))+1)+ geom_signif(comparisons=list(c("G1", "G2")), map_signif_level=TRUE, textsize=3.5, vjust=-0.2) print(final_plot)[^1] ``` 此代码片段展示了完整的流程：从环境配置到最终呈现一张既美观又富含信息量的分组条形图，其中包括了基于实验设计所得到的具体统计数据支持下的结论表达。
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