应用场景|R包分类整理

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1. 数据导入

 
 
feather:一种快速,轻量级的文件格式;在R和python上都可使用	
readr:实现表格数据的快速导入	
readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据	
openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据	
googlesheets:读取google电子表格数据	
haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据	
httr:从网站开放的API中读取数据	
rvest:网页数据抓取包	
xml2:读取HTML和XML格式数据	
webreadr:读取常见的Web日志格式数据	
DBI:数据库管理系统通用接口包	
RMySQL:用于连接MySQL数据库的R包	
RPostgres:用于连接PostgreSQL数据库的R包	
bigrquery用于连接Google BigQuery的R包	
PivotalR:用于读取Pivitol(Greenplum)和HAWQ数据库中的数据	
dplyr:提供了一个访问常见数据库的接口	
data.table:data.table包的fread()函数可以快速读取大数据集	
git2r:用于访问git仓库


2.数据整理

 
 
tidyr:用于整理表格数据的布局	
dplyr:用于将多个数据表连接成一个整齐的数据集	
purrr:函数式编程工具,在做数据整理时非常有用	
broom:用于将统计模型的结果整理成数据框形式	
zoo:定义了一个名zoo的S3类型对象,用于描述规则的和不规则的有序的时间序列数据



3.数据可视化

 
 
ggplot2及其扩展:ggplot2包提供了一个强大的绘图系统,并实现了以下扩展	
ggthemes:提供扩展的图形风格主题	
ggmap:提供Google Maps、Open Street Maps等流行的在线地图服务模块	
ggiraph:绘制交互式的ggplot图形	
ggstance:实现常见图形的横向版本	
GGally:绘制散点图矩阵	
ggalt:添加额外的坐标轴、geoms等	
ggforce:添加额外geoms等	
ggrepel:用于避免图形标签重叠	
ggraph:用于绘制网络状、树状等特定形状的图形	
ggpmisc:光生物学相关扩展	
geomnet:绘制网络状图形	
ggExtra:绘制图形的边界直方图	
gganimate:绘制动画图	
plotROC:绘制交互式ROC曲线图	
ggspectra:绘制光谱图	
ggnetwork:网络状图形的geoms	
ggradar:绘制雷达图	
ggTimeSeries:时间序列数据可视化	
ggtree:树图可视化	
ggseas:季节调整工具	
lattice:生成栅栏图	
rgl:交互式3D绘图	
ggvis:交互式图表多功能系统	
htmlwidgets:一个专为R语言打造的可视化JS库	
leaflet:绘制交互式地图	
dygraphs:绘制交互式时间序列图	
plotly:交互式绘图包	
rbokeh:用于创建交互式图表和地图	
Highcharter:绘制交互式Highcharts图	
visNetwork:绘制交互式网状图	
networkD3:绘制交互式网状图	
d3heatmap:绘制交互式热力图	
DT:用于创建交互式表格	
threejs:绘制交互式3d图形和地球仪 –rglwidget:绘制交互式3d图形	
DiagrammeR:绘制交互式图表	
MetricsGraphics:绘制交互式MetricsGraphics图	
rCharts:提供了对多个javascript数据可视化库(highcharts/nvd3/polychart)的R封装	
coefplot:可视化统计模型结果	
quantmod:可视化金融图表	
colorspace:基于HSL的调色板	
viridis:Matplotlib viridis调色板	
munsell:Munsell调色板	
RColorBrewer:图形调色板	
igraph:用于网络分析和可视化	
latticeExtra:lattice绘图系统扩展包	
sp:空间数据工具


 4.数据转换

 
 
dplyr:一个用于高效数据清理的R包	
magrittr:一个高效的管道操作工具包	
tibble:高效的显示表格数据的结构	
stringr:一个字符串处理工具集	
lubridate:用于处理日期时间数据	
xts:xts是对时间序列数据(zoo)的一种扩展实现,提供了时间序列的操作接口。	
data.table:用于快速处理大数据集	
vtreat:一个对预测模型进行变量预处理的工具	
stringi:一个快速字符串处理工具	
Matrix:著名的稀疏矩阵包


5.统计建模与推断

 
 
car:提供了大量的增强版的拟合和评价回归模型的函数	
Hmisc:提供各种用于数据分析的函数	
multcomp:参数模型中的常见线性假设的同时检验和置信区间计算,包括线性、广义线性、线性混合效应和生存模型大圣众包威客平台(http://www.dashengzb.cn/)	
pbkrtest用于线性混合效应模型的参数Bootstrap检验	
MatrixModels:用于稠密矩阵和稀疏矩阵建模	
mvtnorm:用于计算多元正态分布和t分布的概率,分位数,随机偏差等	
SparseM:用于稀疏矩阵的基本线性代数运算	
lme4:利用C++矩阵库 Eigen进行线性混合效应模型的计算。	
broom:将统计模型结果整理成数据框形式	
caret:一个用于解决分类和回归问题的数据训练综合工具包	
glmnet:通过极大惩罚似然来拟合广义线性模型	
gbm:用于实现随机梯度提升算法	
xgboost:全称是eXtreme Gradient Boosting。是Gradient Boosting Machine的一个c++实现。目前已制作了xgboost工具的R语言接口	
randomForest:提供了用随机森林做回归和分类的函数	
ranger:用于随机森林算法的快速实现	
h2o:H2O是0xdata的旗舰产品,是一款核心数据分析平台。它的一部分是由R语言编写的,另一部分是由Java和Python语言编写的;用户可以部署H2O的R程序安装包,之后就可以在R语言环境下运行了	
ROCR:通过绘图来可视化分类器的综合性能	
pROC:用于可视化,平滑和对比ROC曲线


6.沟通交流

 
 
rmarkdown :用于创建可重复性报告和动态文档	
knitr:用于在PDF和HTML文档中嵌入R代码块	
flexdashboard:基于rmarkdown,可以轻松的创建仪表盘	
bookdown:以R Markdown为基础,用于创作书籍和长篇文档	
rticles:提供了一套R Markdown模板	
tufte:用于实现Tufte讲义风格的R Markdown模板	
DT:用于创建交互式的数据表	
pixiedust:用于自定义数据表的输出	
xtable:用于自定义数据表的输出	
highr:用于实现R代码的LaTeX或HTML格式输出	
formatR:通过tidy_source函数格式化R代码的输出	
yaml:用于实现R数据与YAML格式数据之间的通信




7.自动化分析

 
 
shiny:一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具	
shinydashboard:用于创建交互式仪表盘	
shinythemes:给出了Shiny应用程序的常用风格主题	
shinyAce:为Shiny应用程序开发者提供Ace代码编辑器	
shinyjs:用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作	
miniUI:提供了一个UI小部件,用于在R命令行中集成交互式应用程序	
shinyapps.io:为创建的Shiny应用程序提供托管服务	
Shiny Server Open Source:为Shiny应用程序提供开源免费的服务器	
Shiny Server Pro:为企业级用户提供一个Shiny应用程序服务器	
rsconnect:用于将Shiny应用程序部署到shinyapps.io	
plumber:用于将R代码转化为一个web API	
rmarkdown:用于创建可重复性报告和动态文档	
rstudioapi:用于安全地访问RStudio IDE的API




8.程序开发

 
 
RStudio Desktop IDE:R的IDE。大家都懂,不用解释。	
RStudio Server Open Source:开源免费的RStudio服务器	
RStudio Server Professional:商业版RStudio服务器	
devtools:一个让开发R包变得简单的工具集	
packrat:创建项目的特定库,用于处理包的版本问题,增强代码重现能力。	
drat:一个用于创建和使用备选R包库的工具	
testthat:单元测试,让R包稳定、健壮,减少升级的痛苦	
roxygen2:通过注释的方式,生成文档,远离Latex的烦恼	
purrr:一个用于 提供函数式编程方法的工具	
profvis:用于可视化R代码的性能分析数据	
Rcpp:用于实现R与C++的无缝整合	
R6:R6是R语言的一个面向对象的R包,可以更加高效的构建面向对象系统。	
htmltools:用于生成HTML格式输出	
nloptr:提供了一个NLopt非线性优化库的接口	
minqa:一个二次近似的优化算法包	
rngtools:一个用于处理随机数生成器的实用工具	
NMF:提供了一个执行非负矩阵分解的算法和框架	
crayon:用于在输出终端添加颜色	
RJSONIO:rjson是一个R语言与json进行转的包,是一个非常简单的包,支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式	
jsonlite:用于实现R语言与json数据格式之间的转化	
RcppArmadillo:提供了一个Armadillo C++ Library(一种C++的线性代数库)的接口



9.实验数据

 
 
babynames:包含由美国社会保障局提供的三个数据集	
neiss:2009-2014年期间提供给美国急诊室的所有事故报告样本数据	
yrbss:美国疾病控制中心2009-2013年期间青年危险行为监测系统数据	
USAboundaries:2011年全年休斯顿机场的所有航班数据	
rworldmap:国家边界数据	
usdanutrients:美国农业部营养数据库	
fueleconomy:美国环保署1984-2015年期间的燃油经济数据	
nasaweather:包含了一个覆盖中美洲的非常粗糙的24*24格地理位置和大气测量数据。	
mexico-mortality:墨西哥死亡人数数据	
data-movies和ggplotmovies:来自互联网电影数据库imdb.com的数据	
pop-flows:2008年全美人口流动数据	
data-housing-crisis:经过清洗后的2008美国房地产危机数据	
gun-sales:纽约时报提供的有关枪支购买的每月背景调查统计分析数据	
stationaRy:从成千上万个全球站点收集到的每小时气象数据	
gapminder:摘自Gapminder的数据	
janeaustenr:简·奥斯丁小说全集数据

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