关于MACCsFP的一些问题

最新推荐文章于 2024-06-14 09:55:36 发布

kyra_0919

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文章标签：算法

本文链接：https://blog.csdn.net/kyra_0919/article/details/130278070

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Q1：('[#8]~[#7](~[#6])~[#6]', 0) 这个MACCSFP是什么意思

Q2：('?', 0)这个MACCSFP是什么意思

Q3：('[#6]#[#7]', 0)这个MACCSFP是什么意思

Q4：如何根据MACCSFP获得特定子结构的smiles或者smarts或者mol或者图像

Q5：MACCSFP与SMARTS的区别

Q6：MACCSFP通常包含166个二进制位，这其中是不是有重复值

Q1：('[#8]~[#7](~[#6])~[#6]', 0) 这个MACCSFP是什么意思

A：

MACCSFP（Molecular ACCess System FingerPrints）是一种化学分子指纹方法，用于表示和比较化学分子的结构特征。MACCSFP通过一系列的布尔规则（即存在/不存在某种特征）来描述分子结构，从而实现分子相似性比较和化学信息学任务。

在您提供的例子中，('[#8]~[#7](~[#6])~[#6]', 0)表示一个MACCSFP键和它的状态。这个键描述了一个特定的子结构模式，它包括：

[#8]：氧原子
[#7]：氮原子
[#6]：碳原子

波浪线（~）表示原子之间的化学键。所以这个子结构表示一个氧原子（O）与一个氮原子（N）相连，氮原子又与两个碳原子（C）相连。这个子结构在MACCSFP中的状态值为0，表示给定的化合物中没有这个子结构模式。

MACCSFP通常包含166个或更多的子结构模式，用于捕捉分子的各种化学特征。

Q2：('?', 0)这个MACCSFP是什么意思

A：在您提供的例子中，('?', 0)表示一个MACCSFP键和它的状态。然而，这里的问号（?）并不是一个有效的SMARTS（SMiles ARbitrary Target Specification）模式，SMARTS模式通常用于描述分子的子结构。问号可能表示缺失的、未知的或未定义的子结构模式。状态值为0，表示这个未知的子结构在给定的化合物中不存在。不过这个例子可能无法提供实际的化学信息。

Q3：('[#6]#[#7]', 0)这个MACCSFP是什么意思

A：

('[#6]#[#7]', 0)表示一个MACCSFP键和它的状态。这个键描述了一个特定的子结构模式，它包括：

[#6]：碳原子
[#7]：氮原子

井号（#）表示原子之间的三键。所以这个子结构表示一个碳原子（C）与一个氮原子（N）之间存在一个三键（C≡N）。这个子结构在MACCSFP中的状态值为0，表示给定的化合物中没有这个子结构模式。

MACCS指纹用于捕捉分子的各种化学特征，从而实现分子相似性比较和化学信息学任务。

Q4：如何根据MACCSFP获得特定子结构的smiles或者smarts或者mol或者图像

A：

识别子结构模式：首先，从MACCSFP中找到您感兴趣的子结构模式。例如，在上一个回答中提到的子结构模式是[#6]#[#7]。
转换为SMARTS：通常情况下，MACCSFP中的子结构模式已经是SMARTS表示法。如果不是，请将其转换为SMARTS格式。
使用化学信息学软件：

使用像RDKit、Open Babel等化学信息学软件包处理SMARTS表示的子结构。这些软件包可以帮助您将SMARTS转换为其他表示法，如SMILES、mol文件和分子图像。

以下是使用RDKit软件包从SMARTS获得其他表示法的示例：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

# 将SMARTS转换为分子对象
smarts = '[#6]#[#7]'
substructure = Chem.MolFromSmarts(smarts)

# 从分子对象获取SMILES表示法
smiles = Chem.MolToSmiles(substructure)
print("SMILES:", smiles)

# 从分子对象获取mol文件表示法
mol = Chem.MolToMolBlock(substructure)
print("Mol file representation:\n", mol)

# 从分子对象绘制图像
img = Draw.MolToImage(substructure)
img.show()

这段代码首先将SMARTS表示的子结构转换为RDKit的分子对象，然后分别获取SMILES表示法、mol文件表示法和分子图像。

我试了，可行

Q5：MACCSFP与SMARTS的区别

A：

MACCSFP（Molecular ACCess System FingerPrints）是一种将分子结构转换为166位的二进制向量的方法。这个向量用于表示和比较化学结构。MACCSFP基于166个预定义的子结构（MACCS键），每个子结构对应一个二进制位。如果分子包含特定的子结构，那么相应的二进制位为1，否则为0。
SMARTS表示法是一种用于描述化学结构模式的语言。这种语言可以表示原子、键和分子中的其他特征。例如，“@!@[#8]”是一个SMARTS表示法，表示一个氧原子（O）与一个非环原子（*!@）相连。

尽管这两个概念在化学信息学领域都有广泛应用，但它们之间并无直接关系。然而，您可以将SMARTS表示法用作识别子结构的搜索模式，以便在MACCSFP中找到与特定SMARTS表示法匹配的子结构。这可以通过计算机程序或化学信息学工具来实现。