Autodock4安装及使用说明

我的学习过程中参考了

基于AutoDock和PyMol的分子对接_哔哩哔哩_bilibili，Up讲的很好，如果有条件可以去看一下视频

在官网安装以下软件，如有困难可联系作者私发

只做交流使用，若有侵权请联系删除

PyMOL / PDB下载蛋白结构，删除小分子（在序列中选中小分子，Action---remove）和去除水分子（Action--Remove water）.保存pdb格式文件，不能有没有内部配置的原子出现，比如如果你在配置文件里没有写Cu，在PDB文件中没有删除Cu，后面运行一定报错，对接过程最好使用纯肽链（目前我的应用阶段只能做到保证这个流程不出错，其他还得继续学习）

对接的小分子可以用Chemoffice处理，在ChemDraw里画好以后，选中（Edit----Get 3D structure）

得到3D结构后使用Chem3D计算分子构型，使其处于能量最低（Calculations---MM2----minimize Energy）等待运算结束，文件保存与蛋白同一目录下（.mol2/SDF）

到这一步位置 你应该已经获得了 一个 PDB文件（蛋白去掉水和没有配置文件的配体）和Mol2文件（小分子）

打开adt.bat file---read molecular---XXXX.PDB

Edit----hydrogen---add 选择加入极性氢还是全部，加入后会有运算过程等待一下

计算电荷

分子柔性

此处处理完需要保存一下 保存为PDBQT文件，删除掉现在所有的大分子相关数据，然后导入小分子

导入小分子

依次点击，对该分子进行处理

小分子处理好以后，继续 edit----delet---all molecular

在grid里打开大分子和配体

打开小分子

打开grid box  选择可能的口袋区域，一般是你要参考文献去划定一个区域的，如果不确定可以让所有的结构都包含在box里，让计算机去试试看，哪能量最低

这个齿轮可以调节覆盖范围，右键 Apply后可以设置最大最小值

准备好以后关了格子，导出文件

这个导出的时候一定要注意，要手动输入.gpf

点击Run---run autogrid，运行文件自动选择autogrid4，然后运行文件中再选一次上面保存的文件，开始运算（Lunch）

等计算完，会有很多新的文件出现在文件夹里，在Docking里打开大分子（不会有反应）和小分子，选完之后Accept即可

选择算法，Accept

再次接受参数设置，然后导出 Output对应你选择的算法

等计算结束以后删除所有分子，点Analyze---docking---Open，打开Dlg文件，再打开大分子

按照对接能量最低来进行对接

点倒数第二个按钮可以打开控制面板，勾选第一个显示具体信息，勾选第二个显示氢键网络，Binding energy显示为正的话说明还需要其他外力才能结合到这个位点，一般不认为酶催化会有这样的位点，所以能量为负是比较正常的，另一个窗口的意思是说在 3CG8的C区域的THR192区域的**残基 （这面没有接触位点所以没有显示。）

保存一下你认为合理的结构进行保存（Pdbgt也是要自己输一遍），如果想看所有的能量排布，可以在analyze----conformation---load里查看

结构可视化主要包括这几个方面：

残基和氢键网络

然后需要一个表面模型（口袋）

此时就需要将刚才的pdbqt文件转化为pdb文件了（用open babel）

pymol打开刚才保存的pdb文件，对配体进行改色，显示出配体连接的氢键网络，之后可以先将配体extract出来，show 然后显示出蛋白的共价结构（Stick），然后可以看看残基配位情况

然后我选中了相互作用的残基形成一个Sele，隐藏蛋白的stick，但是显示sele的stick，为了区分让他显示红颜色

Label（L）中选择残基让他们把名称显示出来，现在目光转到菜单栏，点击wizard---measurement，把距离测出来，算完以后右下角点done

点击view将模式换到编辑模式，此时按住ctrl可以拖动标签，将标签放在合理的位置可以让它显示的更好看！

调整蛋白其他部分的透明度，并且在display里调整background的颜色为白色，这样比较符合文献中的模式

渲染，更高像素

重新打开计算好的文件，选择好配体以后改色，extract出来，然后蛋白show as surface，颜色调成灰白色，透明度可以适当降低，然后对背景颜色调整为白色

如图示，氢醌躺在一个口袋里，