我的学习过程中参考了
基于AutoDock和PyMol的分子对接_哔哩哔哩_bilibili,Up讲的很好,如果有条件可以去看一下视频
在官网安装以下软件,如有困难可联系作者私发
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PyMOL / PDB下载蛋白结构,删除小分子(在序列中选中小分子,Action---remove)和去除水分子(Action--Remove water).保存pdb格式文件,不能有没有内部配置的原子出现,比如如果你在配置文件里没有写Cu,在PDB文件中没有删除Cu,后面运行一定报错,对接过程最好使用纯肽链(目前我的应用阶段只能做到保证这个流程不出错,其他还得继续学习)
对接的小分子可以用Chemoffice处理,在ChemDraw里画好以后,选中(Edit----Get 3D structure)
得到3D结构后使用Chem3D计算分子构型,使其处于能量最低(Calculations---MM2----minimize Energy)等待运算结束,文件保存与蛋白同一目录下(.mol2/SDF)
到这一步位置 你应该已经获得了 一个 PDB文件(蛋白去掉水和没有配置文件的配体)和Mol2文件(小分子)
打开adt.bat file---read molecular---XXXX.PDB
Edit----hydrogen---add 选择加入极性氢还是全部,加入后会有运算过程等待一下
计算电荷
分子柔性
此处处理完需要保存一下 保存为PDBQT文件,删除掉现在所有的大分子相关数据,然后导入小分子
导入小分子
依次点击,对该分子进行处理
小分子处理好以后,继续 edit----delet---all molecular
在grid里打开大分子和配体
打开小分子
打开grid box 选择可能的口袋区域,一般是你要参考文献去划定一个区域的,如果不确定可以让所有的结构都包含在box里,让计算机去试试看,哪能量最低
这个齿轮可以调节覆盖范围,右键 Apply后可以设置最大最小值
准备好以后关了格子,导出文件
这个导出的时候一定要注意,要手动输入.gpf
点击Run---run autogrid,运行文件自动选择autogrid4,然后运行文件中再选一次上面保存的文件,开始运算(Lunch)
等计算完,会有很多新的文件出现在文件夹里,在Docking里打开大分子(不会有反应)和小分子,选完之后Accept即可
选择算法,Accept
再次接受参数设置,然后导出 Output对应你选择的算法
等计算结束以后删除所有分子,点Analyze---docking---Open,打开Dlg文件,再打开大分子
按照对接能量最低来进行对接
点倒数第二个按钮可以打开控制面板,勾选第一个显示具体信息,勾选第二个显示氢键网络,Binding energy显示为正的话说明还需要其他外力才能结合到这个位点,一般不认为酶催化会有这样的位点,所以能量为负是比较正常的,另一个窗口的意思是说在 3CG8的C区域的THR192区域的**残基 (这面没有接触位点所以没有显示。)
保存一下你认为合理的结构进行保存(Pdbgt也是要自己输一遍),如果想看所有的能量排布,可以在analyze----conformation---load里查看
结构可视化主要包括这几个方面:
残基和氢键网络
然后需要一个表面模型(口袋)
此时就需要将刚才的pdbqt文件转化为pdb文件了(用open babel)
pymol打开刚才保存的pdb文件,对配体进行改色,显示出配体连接的氢键网络,之后可以先将配体extract出来,show 然后显示出蛋白的共价结构(Stick),然后可以看看残基配位情况
然后我选中了相互作用的残基形成一个Sele,隐藏蛋白的stick,但是显示sele的stick,为了区分让他显示红颜色
Label(L)中选择残基让他们把名称显示出来,现在目光转到菜单栏,点击wizard---measurement,把距离测出来,算完以后右下角点done
点击view将模式换到编辑模式,此时按住ctrl可以拖动标签,将标签放在合理的位置可以让它显示的更好看!
调整蛋白其他部分的透明度,并且在display里调整background的颜色为白色,这样比较符合文献中的模式
渲染,更高像素
重新打开计算好的文件,选择好配体以后改色,extract出来,然后蛋白show as surface,颜色调成灰白色,透明度可以适当降低,然后对背景颜色调整为白色
如图示,氢醌躺在一个口袋里,