AUTODOCK分子对接

     分子对接技术是基于受体和配体结合能量最小化的方式，对接常分为柔性对接和刚性对接，柔性对接里面还存在半柔性对接，通常半柔性对接默认配体小分子为柔性，而受体蛋白大分子为刚性。这里我们展示了半柔性对接的过程。

 

一、受体蛋白pdb文件下载处理

     可在蛋白质数据库下载 https://www.rcsb.org/

二、配体下载或者绘制

   通常我们可以通过pdb数据库下载配体分子或者使用小分子数据库，这里推荐chemoffice软件，里面有chemdraw模块和chem3D,而且通过chemdraw制作的二维图，在chem3D中打开保存后即含有三维坐标的配体文件，非常适合配体小分子的准备，如下图分别是chemdraw和chem3D做的N-乙酰D胞壁酸-L丙氨酸的结构图。

三、使用autodock工具进行分子对接前文件处理

1. 点击Ligand>Input>Open...，，将配体分子加载到坐标窗口。软件会提示结构中的非极性氢原子、芳香碳原子个数、可旋转键等信息，点击确定即可。再点击Ligand>Input>Choose...，选择配体作为AutoDock4对接的配体分子。

2. 点击Ligand>Output>Save as PDBQT...，保存成为.pdbqt文件，该文件中包含了配体结构中的原子信息和可旋转键的信息等。

3. 点击Grid>Macromolecule>Open...打开受体大分子文件。在左侧Dashboard窗口的选择方框中把受体蛋白勾选上，此时蛋白会变黄，即选中状态；点击Edit>Hydrogens>Add，ADT会为蛋白质加氢（由于解析技术的原因，氨基酸的氢原子在晶体结构中是不存在的，因此需要手动加氢原子）。如果第一步预处理的时候已经用其他软件加过H了，这里就不需要了。

4. 点击Grid>Macromolecule>Choose...，选择受体大分子作为AutoDock4对接的受体分子，软件提示结构中包含的非键原子、电荷等信息，点击确定，软件会自动弹出保存对话框，将受体保存成.pdbqt文件。

5. 点击Grid>Set Map Types>Choose Ligand...，选择配体小分子。

6. 选择Grid>Grid Box...设置对接的盒子大小、坐标、格点数、格点距离，这一步需要自己根据不同的结构来进行具体确认。一般来说最简单的方法是：

7. 1）查阅文献、晶体结构数据库，寻找配体可能的结合位点附近的重要氨基酸残基。

8. 2）用记事本打开受体.pdb文件，查看对应氨基酸残基中的任意原子（一般是CA原子）的坐标。

9. 3）在对接的Center Grid Box中输入对应的坐标。

10. 对接的中心坐标并不一定非常准确，只要对接的盒子包含了配体可能结合的最大区域即可。

11. 点击File>Close saving current保存盒子信息，选择Grid>Output>Save GPF...，保存为protein_ligand.gpf文件。

12.  点击Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename...，选择受体大分子.pdbqt文件，将受体蛋白质设置为刚性。

13. 同样的方法Docking>Ligand>Choose...，选择配体，设置初始位置等信息，点击Accept。

14.  选择Docking>Output>Lamarckian GA(4.2)...，选择拉马克遗传算法作为对接算法，保存成为protein_ligand.dpf文件。dpf文件中包含了分子对接的参数，默认对接的构象数为10个，可以手动修改对接的构象数目（倒数第二行的ga_run 10修改为自己想要的数值）。

15.  以上是准备工作。接下来就可以运行Autogrid和AutoDock程序进行对接了。首先确认Autodock的两个核心程序（autogrid4，autodock4）所在路径已经添加到$PATH中

13. 打开命令行，cd到工作目录，运行如下命令进行对接：

autogrid4 -p protein_ligand.gpf
autodock4 -p protein_ligand.dpf

注意：autogrid4和autodock4以及两个pdbqt文件必须在同一个工作目下，且终端的工作路径必须在这个路径下

14.以上就是半柔性对接的全过程。对接的结果文件保存在protein_ligand.dlg文件中，可以使用ADT或PyMOL的AutoDock Vina插件进行查看。配体受体复合物可通过在线网站进行可视化分析：https://plip-tool.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index。

四、报错解决

1.运行autodock4 -p ***.dpf时出现如下报错

autodock4: creating docking log file plyg.dlg

autodock4: I'm sorry; I can't find or open "N_acetylmuramoyl_L_alanine.pdbqt#"

autodock4: FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "N_acetylmuramoyl_L_alanine.pdbqt#"

解决方案：

    以文本格式打开***.dpf文件，如果观察到move ***.pdbqt# small molecule，修改为move ***.pdbqt   # small molecule，就是在#前加了三个空格，通过对比你可以发现所有命令#前都有空格，如果没有空格，代码会将#也视为文件名一部分。

2.柔性对接产生受体柔性pdbqt文件时如下报错

Traceback (most recent call last):

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 941, in tryto

    result = command( *args, **kw )

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2460, in doit

    self.writeResidue(item, outfileptr)

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2645, in writeResidue

    self.process(at, at2, outfileptr)

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2659, in process

    self.process(fromAtom, nextAtom, outfileptr)

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2654, in process

    queue = self.writeBreadthFirst(outfileptr, fromAtom, nextAtom)

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2757, in writeBreadthFirst

    newQ = self.writeLevel(at2, outfptr)

  File "D:\MGLTools1.5.7\lib\site-packages\AutoDockTools\autoflexCommands.py", line 2679, in writeLevel

    if b.activeTors:

AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'

解决方案：

给金属离子添加手动添加正确的电荷，或者不选择含有金属配基的氨基酸