lammps案例：空位缺陷对石墨烯力学性能影响模拟

大家好，我是小马老师。
本文介绍使用lammps软件模拟带有空位缺陷的石墨烯拉伸过程。
石墨烯缺陷包含单空位（SV）、双空位（DV）、SW等多种缺陷，这些缺陷对石墨烯的力学性能产生一定的影响，相关的模拟论文也比较多，模拟方法基本类似。
在之前的文章中，介绍过使用velocity和deform两种方式对石墨烯进行拉伸，这也是两种比较常用的拉伸方式。
在velocity拉伸一文并没有给出应力计算公式，鉴于粉丝在后台对velocity拉伸应力计算咨询较多，因此，本文以单空位缺陷石墨烯拉伸为例，详细介绍velocity拉伸方式以及应力应变的计算方法，并给出全部in文件代码。
模拟的主要流程：
（1）建模
在lammps中使用velocity方式拉伸，在拉伸方向的边界条件不能周期性边界（p），本例拉伸方向为x方向，因此，x方向边界条件为s。
以lattice custom方式自定义石墨烯晶格，以此建立石墨烯结构。
也可以用其他软件建模，使用read_data读入模型。
通过以下命令删除中间部分原子，生成一个空位缺陷。
group del id 382
delete_atoms group del
（2）边界层的设置
velocity拉伸必须设置两个边界层：top、bot，在模拟过程中，设置top、bot为刚体。
bound（）命令计算模型在x两端的边界点的坐标，以下两句确定边界层的宽度为4埃米，可自行调整宽度值
variable xmax equal bound(graphene,xmax)-4
variable xmin equal bound(graphene,xmin)+4
（3）势函数设置
石墨烯模拟最常用的势为AIREBO，参考多篇文献描述，需要修改势函数cmin参数，用记事本打开CH.airebo，将第一行由“1.7 rcmin_CC”修改为“2.0 rcmin_CC”。
（4）边界层设置
velocity和fix setforce命令配合使用，边界层原子速度为0以固定边界层、受力为0情况下边界层为刚体。
（5）应力应变的计算
velocity方式拉伸，应力不能直接用pxx表示，因为pxx是整个体系在x方向的应力，固定边界层之后，需要计算的是中间变形部分的应力，应该排除固定层原子。
因此，本例使用compute stress/atom计算mobile组的原子力。
对mobile组原子力求和后除以石墨烯mobile组体积得到x方向应力。
同理，计算应变时需排除固定层原子，只计算mobile组的长度变化。
（6）拉伸设置
拉伸系综设置为nvt系综，温度300k，沿x轴双向拉伸，分别设置top、bot组的速度为0.5A/ps和-0.5A/ps，mobile组原子设置-0.5到0.5A/ps的速度梯度。
正常石墨烯的拉伸效果如下图所示

本文模拟含有空位缺陷的石墨烯拉伸效果如下图

应力应变曲线对比如下

通过对比可知，含有控温缺陷的石墨烯断裂位置发生在空位缺陷处，并且断裂强度有明显的下降。

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