创意时刻:lammps复杂模型建模,学会可以给女朋友做表白墙了

大家好,我是小马老师。
今天给大家介绍一种比较有意思的lammps建模方法。
如下图所示:
在这里插入图片描述

用到的软件有:Atomsk、python、Ovito。
建模原理:Atomsk可根据掩码文件(mask.txt)对模型进行处理,类似于photoshop中的蒙版。
掩码文件是一个包含01两种数字的文本文件,具体描述可参考Atomsk官方手册说明:
https://atomsk.univ-lille.fr/tutorial_grid.php
例如下面是atomsk案例中的一个mask.txt,可以看出,文本中只有数字0和1,数字1组成的图案是“12”。
在这里插入图片描述

下图是经过蒙版处理后的模型,蒙版中对应的原子被删除。
在这里插入图片描述

根据这个原理,我们只要准备一张图片,将其转换为掩码文件,然后在atomsk中使用该掩码文件对模型进行蒙版处理即可。
下面介绍建模过程。
1.蒙版图像
准备一张图片,使用绘图软件缩小到合适大小,长宽大约为100-200像素比较合适。
本文案例尺寸为100*60像素。
在这里插入图片描述

2.转换mask.txt
在python中运行mask.py,生成掩码文档mask.txt。
程序运行结束后,会将图片像素值转为0和1,并保存到mask.txt中。
3.atomsk建模
运行以下命令生成一个Al板:

atomsk --create fcc 4.046 Al -duplicate 100 60 1 Al.xsf 

运行蒙版命令,将被蒙版遮住的Al原子替换为Au原子。

atomsk Al.xsf -select grid mask.txt -substitute Al Au final.lmp

4.ovito绘图
在ovito中导入final.lmp,调整原子颜色即可。
从理论上来说,使用这种方式,可将任何图片转换为lammps模型,有兴趣的话试试吧。
在这里插入图片描述
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以上案例代码下载见公众号。
公众号案例代码以及学习交流,请加QQ群:754749935
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扫描关注微信公众号:lammps加油站。
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