lammps动态统计中心原子周围原子数量

最新推荐文章于 2025-03-06 21:40:14 发布
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分类专栏： lammps教程 文章标签： lammps 分子动力学 ovito 分子动力学模拟
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本文链接：https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/141812898

本文介绍lammps统计一个原子周围一定范围内其它原子数量的方法。

在之前的专栏中，曾介绍过动态统计某一个固定区域内原子数量的方法。

这种方法只能统计一个静态的区域内原子的数量变化，如果要统计某一个运动中的原子周围原子数量的变化，就需要根据该原子的运动状态，实时追踪原子的坐标并更新region区域的范围，然后再统计周围原子的数量。

以小球的随机碰撞为例，原子类型为1的红色小球（id也为1）周围分布原子类型为2、3的蓝色和黄色小球。
在这里插入图片描述

动态统计以红色小球为圆心，半径为15的球范围内的数量代码为：

#气体粒子数量
variable npart  equal 200
#模拟基本参数设置
units    lj
dimension 2
atom_style  atomic
boundary        p p p
neighbor
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lammps统计一个原子周围不同类型原子数量的方法
lammps_jiayou的博客
10-14 371
分别统计红色小球周围蓝色原子和红色原子的数量，需要用到count(type,region)命令，改命令可统计区域region内type类型原子的数量。以小球的随机碰撞为例，原子类型为1的红色小球（id也为1）周围分布原子类型为2、3的蓝色和黄色小球。
Lammps随机选择原子居中的方法
lammps_jiayou的博客
11-07 169
fix recenter命令可以把设置的原子组pka调整到后面三个坐标点为止，同时，整个模型也会自动地进行偏移。最近几天有几个粉丝咨询如何把随机选择的辐照PKA原子设置到模型的中心位置，本文介绍一下这个方法。后面的参数0 0 0为模型的中心坐标，这个也需要根据自己的模型进行修改。686为data文件或者模型中的最大原子数，可根据自己的模型修改。这种建模，有两个关键点：随机选择和原子居中。蓝色的pka原子已经位于模型的中心位置。大家好，我是小马老师。
lammps统计原子个数
m0_60787307的博客
11-30 6528
[lammps第十七讲]lammps统计原子个数 原创一直陪着你的LAMMPS交流站2021-11-18 18:00 收录于话题 #lammps21个内容 #lammps后处理17个内容 大家好，之前一直有小伙伴想让小编出一期统计原子数量的教程，鉴于小编最近科研任务缠身，最近抽出一点时间来满足下小伙伴的愿望。 不足之处请各位指出，希望能给读者提供一定的帮助，同时希望专业前辈提出不足，小编会和大家共同学习。 01 官网用法 小编也是向老师请教...
保姆级教程 | 输出原子轨迹
baguette的博客
04-29 849
origin中作图：第一列是帧数，第二三四列是第一个粒子在对应帧数下的xyz坐标，第五六七列是第二个粒子在对应帧数下的xyz坐标，以此类推，获得1+3*33=100列数据。程序需要将步骤1里的xyz坐标首先按目标粒子分类，继而将每一帧中目标粒子的坐标放置在一行即可（我这里需要的就是每一帧的pos02的xyz值）④ 第一列填入1，2，3，4，5，选中后点击右下角黑框即自动补充（这一列代表帧数，也可以不补~）⑦ 使用不同颜色的标记，就可以显示出某一个粒子在2500帧内的大致运动轨迹（方向）倾向了。
lammps模拟输出单个原子的能量
lammps_jiayou的博客
08-15 4062
只要是带有atom关键词的compute命令，基本都是计算单个原子的量，总共41个计算命令，功能已经比较全面，但是没有单个原子总能量的计算命令。能量的计算与输出相对比较简单，本来没有写本文的计划，但最近有几个学员咨询到相关的问题，想想还是写出来吧，万一哪天能用的上呢。equal对应标量，atom对应矢量，因为每一个原子具有一个势能或者动能值，所以此处的能量均为矢量。虽然lammps没有提供总能量的计算方法，但是提供了势能和动能的计算命令。只要计算出动能和势能，求和即可得到总能量。原子的总能量=动能+势能。.
lammps案例：蒸发模拟如何动态的删除原子？
lammps_jiayou的博客
07-15 1647
但是lammps常规模拟中，nvt/npt/nve系综要求保持原子数目不变，box内的原子数是固定的，如果有原子飞出box，会提示原子丢失，lammps会自动中止模拟。在类似的水蒸发模拟中，常见的模拟过程是水分子蒸发后仍然保留在模拟盒子内，如果能够实时删除蒸发的水分子，效果会更加逼真。这个命令可以实现在模拟过程中删除进入到特定区域内的原子或者分子，从而实现类似蒸发的效果。从图中可以看出，随着模拟的进行，原子数量越来越少，说明该命令效果非常好。下面给出全部in文件，方便大家参考。大家好，我是小马老师。...
lammps固定原子方法2
lammps_jiayou的博客
12-15 3652
原子组中的每一个原子都“连接”一个弹簧，原子在力的作用下偏离初始位置时，弹簧被拉长，弹簧产生的拉力把原子拉回到初始位置，所以，原子组被“固定”在初始位置。K：弹簧系数，弹簧力F=-Kr，K越大，弹簧越硬，提供的拉力就越大，固定效果越好，反之，K较小，原子可在初始位置附近振动。也可以只在某个方向设置弹簧，如dir设置为z，则表示仅在z方向设置一个弹簧，原子在x和y方向的运动不受限制。使用这种方法，原子组在模拟过程中是完全静止的，并且因为速度为0，所以原子组的温度也为0。
[lammps案例]精确原子比高熵合金建模
m0_60787307的博客
03-06 569
在lammps中建立高熵合金模型是通过替换原子的方式实现的，其命令为set type/ratio, 其缺点为多次替换之后，各原子之间的比例将不准确。在此通过变脚本书写方式，建立准确原子比例的高熵合金。本文以FeNiCrCoCu高熵合金为例，如图1所示，其晶体结构为FCC，原子比例Fe:Ni:Cr:Co:Cu=25:15:20:25:15。
lammps__Si原子轰击石墨烯.in.rar_in_lammps_lammps in_lammps硅_石墨烯 LAMMPS
07-14
lammps In文件，可以实现硅原子轰击石墨烯的功能
LAMMPS原子识别程序原子识别程序
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lammps中统计位错上的氢原子
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<think>我们正在处理一个关于在LAMMPS中统计位错周围氢原子数量或分布的问题。根据用户的问题，我们需要考虑如何定位位错周围的区域，并统计该区域内的氢原子。思路：1.位错通常是通过晶体结构中的缺陷线。在模拟中，位错可能通过原子应变能、中心对称参数（CSP）或位错提取算法（如DXA）来识别。2.统计位错周围的氢原子，首先需要定义“周围”的空间范围。通常，我们可以定义一个以位错线为中心的圆柱体或一个包围位错线的区域（例如通过原子到位错线的距离）。3.在LAMMPS中，我们可以通过以下步骤实现：a.识别位错位置（可能需要提前通过其他工具，如OVITO，或者使用LAMMPS本身计算某些参数来标记位错原子）。b.定义位错周围的区域（例如，以位错线为轴线的一个圆柱体区域）。c.选择该区域内的氢原子并统计数量或分析分布。但是，LAMMPS本身不直接提供位错识别功能。通常，我们使用以下方法：-计算每个原子的中心对称参数（CSP）来识别缺陷原子（包括位错原子）。在LAMMPS中，可以使用`compute csp/atom`命令。-或者，使用原子应变能（通过`compute peratom`）等来识别。然而，位错是一条线，而CSP只能识别出位错附近的原子（即缺陷原子），并不能直接给出位错线的精确位置。因此，我们通常将缺陷原子聚集的区域视为位错附近。因此，一个可行的方案是：1.计算每个原子的中心对称参数（CSP）。2.设定一个CSP阈值，将CSP大于该阈值的原子标记为缺陷原子（位错附近的原子）。3.然后，我们定义位错区域为：所有缺陷原子周围一定半径内的区域（或者直接将这些缺陷原子视为位错区域）。4.统计所有位于这些缺陷原子一定距离内的氢原子。另一种方法是，如果我们已经通过其他方法（比如DXA）得到了位错线的方程，那么我们可以直接计算每个氢原子到位错线的距离，然后统计距离小于某个值的氢原子。由于在LAMMPS中直接进行位错线提取比较困难，我们通常采用第一种方法（通过CSP标记位错区域原子，然后统计这些原子附近一定范围内的氢原子）。具体步骤（在LAMMPS输入脚本中）：步骤1：计算中心对称参数（CSP）```compute csall csp/atom```步骤2：将CSP值大于某个阈值的原子定义为缺陷原子（位错区域原子）。这个阈值需要根据具体晶体结构来确定。例如，对于FCC晶体，完美晶体的CSP为0，而位错附近的原子CSP会大于0（比如大于0.5）。我们可以通过变量来标记这些原子：``` computedefectall reducemaxc_cs#可选，用于查看最大CSP值，帮助确定阈值#假设我们确定阈值为0.5atom_modify maparrayvariabledefect atom(c_cs>0.5)```步骤3：创建一个只包含缺陷原子的组：``` groupdefect idv_defect```步骤4：现在，我们想要统计在缺陷原子周围一定距离（比如5埃）内的氢原子。我们可以这样做：首先，创建一个包含所有氢原子的组： ```group hydrogentype1#假设氢原子的类型是1```然后，计算每个氢原子到任意一个缺陷原子的距离，并判断是否在5埃以内。我们可以使用`compute group/group`来计算两组原子之间的距离，但注意这个计算给出的是两组原子之间的最短距离。我们更关心每个氢原子是否在缺陷原子周围5埃内。我们可以使用邻近列表（neighbor list）来找出每个氢原子附近的缺陷原子，并计算距离。在LAMMPS中，我们可以使用`computecoord/atom`来统计每个氢原子周围一定半径内缺陷原子的数量，但这里我们只需要知道是否在半径内。因此，我们可以创建一个变量来标记那些在缺陷原子周围5埃内的氢原子。步骤： ```computehydrodefecthydrogendistance5.0#这个计算会给出每个氢原子到缺陷组原子的最短距离（在5.0截断内） #然后，我们可以标记那些最短距离小于5.0的氢原子（即至少有一个缺陷原子在其5埃范围内） variablein_dislocationhydrogen (c_hydro <5.0)#注意：c_hydro对于没有在5埃内缺陷原子的氢原子会返回一个很大的值（大于5.0），所以小于5.0的即满足条件```但是，注意：`computehydro`实际上是一个标量计算，它给出的是两组原子之间的最小距离。我们想要的是每个氢原子是否在5埃内，所以我们需要一个针对每个氢原子的计算。因此，我们可以使用邻近列表和原子变量：另一种方法：使用`compute reduce`配合`computedistance/atom`可能更复杂，我们可以使用`neigh`命令来建立邻近列表，然后循环原子？但在输入脚本中不能循环。推荐使用`compute coord/atom`来近似：```compute cchydrogencoord/atomcutoff5.0 groupdefect#这个计算会给出每个氢原子周围在5埃内有多少个缺陷原子。如果这个数大于0，则该氢原子在缺陷原子周围5埃内。variable in_dislocation hydrogen(c_cc>0)```然后，我们可以创建一个组来包含这些氢原子：``` grouph_in_dislocationhydrogen v_in_dislocation```步骤5：统计该组中的原子数量： ```variable numequalcount(h_in_dislocation) ```步骤6：在运行过程中输出或在热力学输出中输出这个数量。注意：上述步骤中，`compute coord/atom`计算的是每个氢原子与缺陷原子组中的原子在5.0埃内的配位数。如果配位数大于0，则说明该氢原子在至少一个缺陷原子的5埃范围内。但是，这种方法可能将不在位错附近但恰好有缺陷原子在5埃内的氢原子也包含进来（比如一个氢原子可能位于一个孤立的缺陷原子附近，但这个缺陷原子并不属于位错）。不过，由于位错附近的缺陷原子是成片出现的，所以通常可以接受。另外，我们还可以考虑直接使用位错线附近的圆柱形区域，但需要知道位错线的位置和方向。这通常需要额外的分析，比如通过位错分析工具得到位错线的位置，然后在LAMMPS中定义位错线（例如用两个点表示一条直线），再计算每个氢原子到位错线的距离。这种方法更精确，但需要知道位错线的几何信息，在LAMMPS脚本中实现计算点到直线的距离比较繁琐。因此，对于大多数情况，采用基于CSP的方法标记位错区域，然后统计氢原子在缺陷原子附近一定范围内的数量，是一种可行的方法。此外，如果用户需要分析氢原子的分布（例如沿位错线的分布），那么可能需要更复杂的方法，比如将位错线离散成多个小段，然后统计每个小段附近圆柱体内的氢原子。这通常需要后处理工具（如OVITO）或者自己编写分析脚本。在LAMMPS中，我们可以输出每个氢原子的位置，然后在后处理中分析。但如果用户希望在LAMMPS运行时进行分析，则可能需要编写复杂的LAMMPS输入脚本（使用变量和计算）。考虑到用户的问题，我们给出一个基于CSP的简单统计方法。总结脚本如下：``` #假设已经构建了包含位错和氢原子的体系#计算中心对称参数（CSP） computecsall csp/atom#定义缺陷原子（CSP>0.5）variabledefect atom(c_cs>0.5) groupdefect idv_defect#创建氢原子组（假设氢原子类型为1） grouphydrogen type1#计算每个氢原子在5埃内与缺陷原子的配位数（即有多少个缺陷原子在其5埃内）compute cchydrogen coord/atomcutoff5.0 groupdefect#标记配位数大于0的氢原子（即在缺陷原子5埃内）variable in_dislocation hydrogen(c_cc>0) #创建组group h_in_dislocationhydrogen v_in_dislocation#统计数量variable numequal count(h_in_dislocation)#在运行中输出thermo_stylecustom stepv_numthermo100run ...#或者直接打印print"Numberof hydrogenatoms arounddislocation:${num}"```注意：这种方法依赖于CSP阈值的选择和截断半径的选择，需要根据具体体系调整。另外，如果位错结构在模拟过程中发生移动，那么需要每一步都进行计算。如果用户需要更精确的位错附近氢原子统计，建议使用后处理工具（如OVITO）进行，因为可以更灵活地定义位错区域。相关问题：1.如何确定中心对称参数（CSP）的阈值？2.除了CSP，还有哪些方法可以在LAMMPS中识别位错？3.如何分析位错周围氢原子的空间分布（例如径向分布函数）？4.在LAMMPS中如何计算每个氢原子到位错线的距离？5.如何将位错周围的氢原子数量随时间的变化输出？</think>### LAMMPS位错周围氢原子统计方法 在LAMMPS中统计位错周围的氢原子分布，核心思路是通过**空间区域定义**和**原子筛选**实现。以下是具体步骤和实现方法： #### 1. **位错区域定义** 位错周围的统计需要先明确定义位错附近的**空间区域**。常用方法： ```lammps # 定义圆柱形区域（适用于直线位错） region dislocation cylinder z 50 50 20 50 100 units box # 定义球形区域（适用于位错节点） region dislocation sphere 50 50 50 25 units box ``` - `cylinder`参数：轴线位置(z方向)、半径(20Å)、高度(50-100Å) - `sphere`参数：中心坐标(50,50,50)、半径(25Å) #### 2. **氢原子筛选与统计** ```lammps # 创建氢原子组（假设氢原子类型为2） group hydrogen type 2 # 创建位错区域内的氢原子组 group h_dislocation intersect hydrogen dislocation # 实时统计数量 variable h_count equal count(h_dislocation) thermo_style custom step v_h_count thermo 100 # 每100步输出一次 ``` - 使用`intersect`组合区域和原子组 - `v_h_count`动态记录区域内氢原子数 #### 3. **分布分析进阶方法** **(1) 径向分布函数(RDF)分析** ```lammps # 以位错线为中心计算RDF compute rdf all rdf 50 1 1 2 2 fix 1 all ave/time 100 10 1000 c_rdf[*] file h_dislocation.rdf mode vector ``` - 分析氢原子-氢原子间距分布 - 输出到`h_dislocation.rdf`文件 **(2) 密度场分析** ```lammps compute dens all chunk/atom bin/3d 100 100 100 fix 2 all ave/chunk 100 10 1000 dens density/number file density.grid ``` - 将空间划分为100×100×100网格 - 输出网格内氢原子密度到`density.grid` #### 4. **注意事项** 1. **位错识别**：需先通过`compute csp/atom`(中心对称参数)或`compute centro/atom`(原子应变)定位位错核心原子[^1] 2. **区域调整**：根据位错类型(Burgers矢量等)优化区域形状 3. **氢原子标记**：使用`dump_modify`给不同区域氢原子着色，便于可视化分析 ```lammps dump 1 all custom 100 dump.lammpstrj id type x y z dump_modify 1 color type 2 0xFF0000 # 红色标记氢原子 ``` #### 5. **后处理工具** - 使用**OVITO**可视化`dump.lammpstrj`： - 应用`Coordination Analysis`滤镜统计配位数 - 使用`Python Scripting`自定义分布分析 - 使用**DensityCalculator**进行密度分布分析[^1] > 示例输出结果： > ``` > Step v_h_count > 0 1523 > 100 1568 > 200 1621 > ```
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