记录一次对模型实施“外科手术”，实现“美颜”的过程

大家好，我是小马老师。
本文讲一个轻松的话题，聊一聊前几天做的一个项目。
这是一个由多个模型拼接到一起的结构，在拼接过程中需使用能量最小化完成最终的组装。
在能量最小化过程中出现一点小瑕疵。
下图中绿色的原子应该位于箭头所指的位置，可能是初始结构有问题，也可能是在能量最小化过程中受力不正常导致脱离原位置。

或许原来的位置已没有它的立足之地，它跑了出去，在原位置留下了一个空位缺陷。
多次重新建模，长时间的弛豫都不能使它回心转意。
最后，只好拿出杀手锏，对模型实施“美颜手术”。
（1）删除逃逸原子
在ovito中查到绿色原子的id为9768，用group命令把这个原子归入del组，使用delete_atoms命令删除del组。
代码为：
group del id 9768
delete_atoms group del