lammps教程：1D正弦粗糙界面建模建模教程

大家好，我是小马老师。

本文以一篇论文为例，介绍lammps粗糙界面建模方法。粗糙界面在流体、摩擦和吸附模拟中用的较多，建模方法也多种多样。本文参考Xin He发表的一篇论文《The evolution of configuration and final state of graphene on rough iron surface》。论文下载地址：

https://doi.org/10.1016/j.apsusc. 2020.147084

论文中模拟了四种粗糙界面：一维正弦粗糙面、二维正弦粗糙面、伪随机高斯粗糙面、随机粗糙面。

本文主要介绍一维正弦粗糙面的建模方法，后面陆续推出其它粗糙面建模。一维正弦粗糙面如上图（a)所示，在xz面内，模型的上表面轮廓是一条正弦曲线。建模原理是使用create_atoms var和set命令，具体步骤：（1）创建曲面方程本文中，粗糙界面是一个规则的正弦曲面，因此，曲面方程为：

z=Asin(ωx)+k

A为振幅，控制曲面起伏的高度
ω控制正弦的周期，控制曲面起伏的个数
k为偏距，控制曲面的上下位置
在本例中，曲面方程为：

z = (8 * sin(x * 2.0*PI/30) +30 )

参数可根据课题需要自己调整。（2）根据曲面方程填充原子create_atoms var v命令根据v的取值判断是否创建原子。如果v的取值为0，不创建原子，如果v的取值为非0，则创建原子。因此，如果v的取值和曲面方程联系起来，当原子的坐标位于曲面下方时创建原子，位于曲面上方时不创建原子，这样就可以生成具有特定曲面的结构。具体语法为：

variable v equal "v_zz < (8 * sin(v_xx * 2.0*PI/30) +30 ) "

最终效果为：

完整in文件代码为：

dimension       3
units           metal
atom_style      atomic
variable        x equal 40
variable        y equal 25
lattice         fcc 3.61
region          box block 0 $x 0 $y 0 20
create_box      1 box
variable        xx internal 0.0
variable        zz internal 0.0
variable        v equal "v_zz < (8 * sin(v_xx * 2.0*PI/30) +30 ) "
create_atoms    1 box var v set x xx set z zz
write_dump      all atom all.xyz

怎么样，是不是很简单？有兴趣的可以尝试二维正弦曲面建模，后面的推文会给出对应的代码：

公众号：lammps加油站