大家好,我是小马老师。
本文介绍聚合物结构的组合问题。
在lammps模拟中,聚合物模拟应该算是比较复杂的一种模拟,不仅建模复杂、势参数较多,而且在模拟过程中也会经常出现各种意想不到的错误。
本文主要解决聚合物建模过程中常遇到的一个问题:多成分的组合。
比如下面的结构,左侧是水分子、右侧是甲烷。
如果使用packmol、ms、moltemplate等建模软件,一次性的组合到一起,是可以实现的。
但是,如果需要对两部分进行单独的弛豫,弛豫之后再组合起来,就容易出现下图所示的问题。
主要原因是,上述结构单独弛豫过程中,当原子移动到边界处,因周期性边界原因,会被算法折叠到盒子的另一侧,造成了被键链接的两个原子分别位于盒子的两侧。
单独弛豫没有问题,但是当2个结构组合到一起,盒子尺寸扩大,盒子两侧的原子会被拉长。
在lammps模拟时