lammps聚合物建模组合技巧

大家好，我是小马老师。
本文介绍聚合物结构的组合问题。
在lammps模拟中，聚合物模拟应该算是比较复杂的一种模拟，不仅建模复杂、势参数较多，而且在模拟过程中也会经常出现各种意想不到的错误。
本文主要解决聚合物建模过程中常遇到的一个问题：多成分的组合。
比如下面的结构，左侧是水分子、右侧是甲烷。

如果使用packmol、ms、moltemplate等建模软件，一次性的组合到一起，是可以实现的。
但是，如果需要对两部分进行单独的弛豫，弛豫之后再组合起来，就容易出现下图所示的问题。

主要原因是，上述结构单独弛豫过程中，当原子移动到边界处，因周期性边界原因，会被算法折叠到盒子的另一侧，造成了被键链接的两个原子分别位于盒子的两侧。
单独弛豫没有问题，但是当2个结构组合到一起，盒子尺寸扩大，盒子两侧的原子会被拉长。
在lammps模拟时，因为键被拉的过长，会造成“bond atoms missing”错误，这种错误在聚合物模拟中经常会出现，这个错误的解决也是聚合物模拟的一个难点。
解决这个问题的关键：合并之前，把盒子两侧的同一键接原子移动到同一侧。
本文提供一个简单的方法，使用ovito的Unwrap tra