lammps教程:多个dump文件合并为一个文件

大家好,我是小马老师。
本文介绍多个dump文件合并为一个dump文件的方法。
在前面的文章中,介绍过python ovito可以把一个dump文件按帧拆分为多个dump文件。
同理,多个dump文件也可以合并为一个dump文件。
基本原理是先读入多个dump文件,然后再合并输出为一个单独的文件。
1.加载多个dump文件
如果dump文件是用dump custom 加通配符星号(*)输出的,文件名除了步数不同,其余部分是相同的,如:frame.0.dump, frame.1000.dump, frame.2000.dump
这种情况,可使用通配符读入所有文件

pipeline = import_file("frame.*.dump")

如果文件名没有规律,或者位于不同的文件,也可以新建一个文件列表file_list,把所有的文件全部输入到列表中,import_file()命令读入列表即可实现加载所有文件。

file_list = [
    
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LAMMPS是一种分子动力学模拟软件,可以生成dump文件来存储模拟过程中的原子坐标、速度和势能等信息。dump文件的具体内容取决于模拟所使用的LAMMPS命令和参数。 通常,dump文件的每一行表示一个原子的信息,包括原子ID、类型、坐标、速度、势能等。例如,一个典型的dump文件可能如下所示: ``` ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 1000 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp 0.0000000000000000e+00 1.0000000000000000e+01 0.0000000000000000e+00 1.0000000000000000e+01 0.0000000000000000e+00 1.0000000000000000e+01 ITEM: ATOMS id type x y z vx vy vz pe 1 1 0.1000000000000000e+01 0.1000000000000000e+01 0.1000000000000000e+01 -0.1000000000000000e+02 -0.1000000000000000e+02 -0.1000000000000000e+02 0.1000000000000000e+02 2 1 0.2000000000000000e+01 0.2000000000000000e+01 0.2000000000000000e+01 -0.2000000000000000e+02 -0.2000000000000000e+02 -0.2000000000000000e+02 0.2000000000000000e+02 ... 1000 2 0.9000000000000000e+01 0.9000000000000000e+01 0.9000000000000000e+01 -0.9000000000000000e+02 -0.9000000000000000e+02 -0.9000000000000000e+02 0.9000000000000000e+02 ``` 其中,第一部分表示模拟的时间步长,第二部分表示模拟中原子的总数目,第三部分表示模拟空间的边界,第四部分表示每个原子的具体信息。 需要注意的是,dump文件中的数据都是以科学计数法表示的,需要进行格式化处理才能直观地观察数据。另外,dump文件的具体格式也可以通过LAMMPS的相关命令进行自定义。

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