大家好,我是小马老师。
本文介绍使用python ovito模块计算不原子间rdf的方法。
在以前专栏文章中,介绍过python ovito计算rdf的方法,使用到的命令为CoordinationAnalysisModifier()。
主要原理:
(1)import_file()命令读入dump文件,添加CoordinationAnalysisModifier()计算rdf,cutoff参数可以控制截断半径,这个值也是rdf曲线横坐标的最大值。
如果需要计算多个步数的平均rdf,可以添加TimeAveragingModifier()命令对rdf进行平均处理。
(2)计算完成后的数据保存在一个表格类型的变量中:table:coordination-rdf
(3)使用export_file()把计算结果保存到rdf.txt文件中。完整代码为:
from ovito.io import import_file, export_file
from ovito.modifiers import CoordinationAnalysisModifier,TimeAveragingModifier
pipeline =