今天学习了如题的一些操作。但是并不算成功。本来打算做到quality control,结果大部分时间卡在了下载测序数据上。
参考网站:
下载参考基因组及基因注释)
1.安装ASPERA
1)wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
2)tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
3)bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
4)cd /home/name
# 去根目录
5)ls -a
# 如果看到.aspera文件夹,代表安装成功
6) export PATH="~/.aspera/connect/bin:$PATH"
7) source ~/.bashrc
2.sra数据下载(采取aspera下载)
cd /mnt/f/Data/chip_seq/data
for ((i=204;i<=209;i++));do ascp -QT -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/