单细胞测序数据分析（1）—数据下载

最新推荐文章于 2024-07-30 14:38:44 发布

leo12354

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分类专栏：生信分析

本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/108436170

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本文介绍了如何下载单细胞测序数据分析所需的SRA数据。首先，尝试使用ASPERA下载，但遇到报错。接着，通过SRA RUN SELECTOR获取SRP号并下载ACCESION-list，然后使用代码下载SRA格式数据，最后提到SRA数据需转化为fastq格式，但ASPERA在速度和转化方面更优。

摘要由CSDN通过智能技术生成

参考：
单细胞实战(一)数据下载
参考链接里主要是下载了一篇文章里提及到的两个患者单细胞数据分析集，

第一个患者：
SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
第二个患者：
SRR7692286
SRR7692287
SRR7692288
SRR7692289

下载的方式，有两种，
第一种，采用ASPERA下载，我的RNA-seq学习笔记中有这个软件的下载和安装，这儿省略介绍此步骤。

export PATH="/home/leo/.aspera/connect/bin:$PATH"
source ~/.bashrc
ascp -QT -l 500m -P 33001 -i /home/leo/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR772/000/SRR7722940/SRR7722940.fastq.gz .

但是，结果很不辛，提示报错

Session Stop  (Error: Session initiation failed, read timed out)

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