RNA-seq(4) :采用Feature counts进行reads计数，合并矩阵,并进行基因ID注释-学习笔记

最新推荐文章于 2024-07-05 10:55:42 发布

leo12354

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分类专栏：生信分析文章标签：经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/107536729

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本文介绍了使用FeatureCounts工具进行RNA-seq数据分析的过程，包括快速计数reads，合并矩阵，并进行基因ID注释。相比htseq，FeatureCounts显著提高了效率。此外，还展示了在RStudio中进行后续操作和结果验证的方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

这段时间去读了一些人文类的书籍，没更新，一看到快到八月份，继续学点分析方面的东西。

序列对比之后，按照以往的分析程序，接下来要看reads数目多少了。最常使用的软件是htseq。可以参考用htseq-count对reads计数并合并矩阵。但是这个方法真的很费时间，所以找到了一个便捷的工具，Featurecounts。

还是要先下载，因为之前我在学习RNA-seq的时候下载了htseq,但是没有下载这个。

#featureCounts 在 subread 这个包里面
conda install subread
#建立一个软链接,方便直接调用
 ln -s ~/miniconda3/bin/featureCounts ~/.local/bin

需要说明的是，一定要把bam文件按照顺序（默认是name）排序，代码在上一个学习笔记里有，但是为了方便，继续抄下来。

 for ((i=22;i<=23;i++));do samtools sort SRR53377${i}.bam -o SRR53377${i}
.sorted_bam;done
#随后用featurecounts计数
for ((i=19;i<=23;i

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