单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记

最新推荐文章于 2024-07-30 14:38:44 发布
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分类专栏： 生信分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/108522970
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本文介绍了cell ranger软件在单细胞测序数据分析中的应用，包括mkfastq、count、aggr和reanalyze四个主要步骤。重点强调了cellranger count生成的gene-barcode矩阵对后续Seurat、Scater、Monocle等分析的重要性，以及如何获取参考基因组和处理输出文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

参考：
单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探

接下来就是用 cell ranger 软件进行分析，但是有一个前提，需要我们注意，系统性能要非常好，一般不太需要我们去做，很多文章都说这儿只需要了解一下，知道大概流程就行。

系统要求：
Linux 至少8核
CPU(推荐16核)64GB 
RAM(推荐128GB)，最低配的64G，允许cellranger aggr合并最多250k个细胞
1T硬盘
64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04

cell ranger 软件分为下面四大部分：
cellranger mkfastq ： 它借鉴了Illumina的bcl2fastq ，可以将一个或多个lane中的混样测序样本按照index标签生成样本对应的fastq文件

cellranger count ：利用mkfastq生成的fq文件，进行比对(基于STAR)、过滤、UMI计数。利用细胞的barcode生成gene-barcode矩阵，然后进行样本分群、基因表达分析

cellranger aggr ：接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC

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leo12354
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单细胞测序分析（5）—用 Cell Ranger 上游分析 fastqc格式文件 学习笔记
leo12354的博客
11-05 5723
上一篇更新这么久，立的Flag 差一点倒吊，进来被湿实验干扰的特别累，怀疑一切，怀疑自己，不断否定自己，有时候想起来都不知道自己来这儿做科研是为了什么，什么都做不出来，很无奈，还好，偶尔做一个代码搬运工看着一个个图出现在屏幕上，一点点成就感脱颖而出，虽然解决不了湿实验上的失败阴影，但是人活着要想开点。 好了，进入正题。牢骚发完了。 参考： 单细胞转录组数据处理之上游分析流程 10X genomics单细胞数据集探索 其实上游流程我们可以交给公司去做，没必要自己去做，但是针对目前我手里的Fastq格式，我还是
【小白学生信】cell ranger 初使用
weixin_43784829的博客
08-03 9575
在学习单细胞转录组的时候，10X占据了市场的主流，它的
10X单细胞测序分析软件:Cell ranger，从拆库到定量
最新发布
悟道西方
07-30 1198
Cell Ranger是由10x genomic公司官方提供的专门用于其单细胞转录组数据分析的软件包。Cell Ranger将前面产生的fastq测序数据比对到参考基因组上，然后进行基因表达定量，生成细胞-基因表达矩阵，并基于此进行细胞聚类和差异表达分析。
利用Cellranger对单细胞数据进行上游分析
weixin_52660253的博客
08-04 1523
当我们从NCBI上下载好相应文章的转录组数据后，便需要对其进行上游分析和下游分析的探究。而由于我们现在测序通常采用10×Genomics单细胞转录组测序技术，其公司开发的Cellranger便成为现在不可或缺的单细胞测序分析软件，在此我们便对其用法进行相应介绍和学习。
cellranger使用
weixin_57830892的博客
12-19 1169
cellranger cellranger -h cellranger cellranger-6.1.2 Process 10x Genomics Gene Expression, Feature Barcode, and Immune Profiling data USAGE: cellranger <SUBCOMMAND> FLAGS: -h, --help Prints help information -V, --version Prin.
Cell Ranger
ZHIDIHUAYUAN的博客
06-29 4896
Cell Ranger可处理Chromium single-cell RNA-seq 的输出： （1）align reads, （2）generate feature-barcode matrices （3）perform clustering and gene expression analysis 其包括四个与单细胞基因表达实验相关的pipelines。 cellranger mkfastq cellranger mkfastq将Illumina sequencer生成的raw base call (B
单细胞测序数据分析（2）- cell ranger使用前注意事项-学习笔记
leo12354的博客
09-10 3959
参考网站： 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 下载好了数据，就要进行拆分了。 首先需要的是一个软件，sratoolkit . 在第一节的数据下载里就提及到要用的 fastq-damp,。 fastq-dump --gzip --split-files SRR7722937.sra 其中主要使用了三个参数： –gzip：将生成的结果fastq文件进行压缩 –split-3：其实有点复杂：首先它是分割的意思，-3实际上指的是分成3个文件，它诞生的时间比较早，是在1000 Geno
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控.md
05-12
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控
单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合.md
05-12
单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合
单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合
LittleComputerRobot的博客
04-13 1171
单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合
Cell Ranger 细胞分群及差异分析
qq_45478665的博客
09-28 1663
今天来点干货 说一说 Cell Ranger 细胞分群及差异分析 软件官网：https://www.10xgenomics.com/company 主要使用在10X单细胞测序 主要用途：10X单细胞测序分析，是一个很厉害很实用的单细胞测序数据分析软件 官方简介：10x Genomics 产品已被世界各地的研究人员采用，包括《自然》杂志 2019 年排名前 100 的所有全球研究机构，以及 2019 年研发支出排名的全球前 20 名制药公司。我们的产品被 2,500 多篇研究论文引用，促成了肿.
SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger
weixin_41368414的博客
08-09 2724
单细胞转录组 之 cellranger
cellranger安装以及使用
m0_59974475的博客
04-24 3146
接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵，并且进行标准化去掉测序深度的影响。但是由于病毒基因组太小了，且注释结果只有CDS没有exon，所以曲线救国，将CDS整体替换为exon，也不进行过滤了，直接下一步。虽然安装完毕，但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。自动执行这个命令，需要将“
利用cellranger对（人）单细胞数据进行上游分析(实验室日记day1和day2)
Recordarse的博客
11-08 1704
如果测到的细胞数多，但是每个细胞里面的平均reads数少，那么饱和度就不高，反之，饱和度高。但也不是越高越好，背后原理是抽样的原理，到达80%左右就可以代表整个样本。下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。Estimated number of cells - 样本测到的细胞数。Mean reads per cell - 每个细胞测到的平均reads。三、对人的参考基因组和注释进行下载和解压（ensembl官网）一、Cellranger以及参考基因组的下载。
如何使用Cell Ranger处理10x 单细胞转录组测序数据
weixin_47890536的博客
04-20 3020
进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。
深入探索单细胞基因组学：Cell Ranger项目推荐
gitblog_00018的博客
06-08 317
深入探索单细胞基因组学：Cell Ranger项目推荐 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目介绍 在基因组学的浩瀚宇宙中，每一步技术的进步都如同星辰点亮未知的夜空。其中，Cell Ranger是一套旨在深度挖掘10x Genomics Chromium单细胞数据的分析工具集。它不仅执行样本解多路复用和barcode处理，还涵盖了单细胞3'与5'基因计数、V(D)J...
单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵
TOP生物信息
12-27 9021
Cell Ranger是一个“傻瓜”软件，你只需提供原始的fastq文件，它就会返回feature-barcode表达矩阵。为啥不说是gene-cell，举个例子，cell hashing数据得到的矩阵还有tag行，而列也不能肯定就是一个cell，可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件，有四个子命令，我只用过cellranger count，另外三个cellranger mkfastq、cellranger aggr、cellranger reanal
单细胞cellranger处理流程
weixin_47707171的博客
08-18 1930
单细胞cellranger处理流程单细胞cellranger处理代码aggr.csv的制作 单细胞cellranger处理代码 一套流程直接跑通！ 首先你要cd切换到工作目录，在cellranger定量那一步，需要更改你的reference位置，然后把下面这些代码复制到一个sc.sh文件中运行就可以了。（没提到的地方都不用改啦） mkdir SRR mkdir fastq #建立两个文件夹 #下载数据 prefetch -O SRR/ --option-file SRR_Acc_List.txt #SRR
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