单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记

最新推荐文章于 2024-11-09 10:17:25 发布
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分类专栏： 生信分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/108522970
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本文介绍了cell ranger软件在单细胞测序数据分析中的应用，包括mkfastq、count、aggr和reanalyze四个主要步骤。重点强调了cellranger count生成的gene-barcode矩阵对后续Seurat、Scater、Monocle等分析的重要性，以及如何获取参考基因组和处理输出文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

参考：
单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探

接下来就是用 cell ranger 软件进行分析，但是有一个前提，需要我们注意，系统性能要非常好，一般不太需要我们去做，很多文章都说这儿只需要了解一下，知道大概流程就行。

系统要求：
Linux 至少8核
CPU(推荐16核)64GB 
RAM(推荐128GB)，最低配的64G，允许cellranger aggr合并最多250k个细胞
1T硬盘
64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04

cell ranger 软件分为下面四大部分：
cellranger mkfastq ： 它借鉴了Illumina的bcl2fastq ，可以将一个或多个lane中的混样测序样本按照index标签生成样本对应的fastq文件

cellranger count ：利用mkfastq生成的fq文件，进行比对(基于STAR)、过滤、UMI计数。利用细胞的barcode生成gene-barcode矩阵，然后进行样本分群、基因表达分析

cellranger aggr ：接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC

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上一篇更新这么久，立的Flag 差一点倒吊，进来被湿实验干扰的特别累，怀疑一切，怀疑自己，不断否定自己，有时候想起来都不知道自己来这儿做科研是为了什么，什么都做不出来，很无奈，还好，偶尔做一个代码搬运工看着一个个图出现在屏幕上，一点点成就感脱颖而出，虽然解决不了湿实验上的失败阴影，但是人活着要想开点。 好了，进入正题。牢骚发完了。 参考： 单细胞转录组数据处理之上游分析流程 10X genomics单细胞数据集探索 其实上游流程我们可以交给公司去做，没必要自己去做，但是针对目前我手里的Fastq格式，我还是
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接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵，并且进行标准化去掉测序深度的影响。但是由于病毒基因组太小了，且注释结果只有CDS没有exon，所以曲线救国，将CDS整体替换为exon，也不进行过滤了，直接下一步。虽然安装完毕，但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。自动执行这个命令，需要将“
利用cellranger对（人）单细胞数据进行上游分析(实验室日记day1和day2)
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如果测到的细胞数多，但是每个细胞里面的平均reads数少，那么饱和度就不高，反之，饱和度高。但也不是越高越好，背后原理是抽样的原理，到达80%左右就可以代表整个样本。下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。Estimated number of cells - 样本测到的细胞数。Mean reads per cell - 每个细胞测到的平均reads。三、对人的参考基因组和注释进行下载和解压（ensembl官网）一、Cellranger以及参考基因组的下载。
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进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。
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Cell Ranger是一个“傻瓜”软件，你只需提供原始的fastq文件，它就会返回feature-barcode表达矩阵。为啥不说是gene-cell，举个例子，cell hashing数据得到的矩阵还有tag行，而列也不能肯定就是一个cell，可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件，有四个子命令，我只用过cellranger count，另外三个cellranger mkfastq、cellranger aggr、cellranger reanal
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