ChIP-seq(2):ChIP-seq peaks可视化（Rstudio）学习笔记

最新推荐文章于 2024-04-24 09:31:06 发布

leo12354

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本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/105998437

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本文介绍了如何在RStudio中使用R语言进行ChIP-seq峰值的可视化和分析，包括峰在染色体的位置、与TSS区域的结合情况、平均结合剖面以及峰值注释，提供了详细的步骤和结果展示。

摘要由CSDN通过智能技术生成

好了，可以在R语言里玩耍了。
参考资料：
ChIP分析流程
 Chip-seq 实战分析流程

1.安装软件
（之前安装过，先检测一下）

source ("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ChIPseeker")
biocLite("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene")
biocLite("org.Mm.eg.db")
biocLite("clusterProfiler")

在安装 org.Mm.eg.db 时，出了一些问题，需要安装所对应的包，比如我这个报错， AnnotationDbi 、rlang 需要安装**，我也是捣鼓了2小时才发现原来是个样子。

BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), R 3.5.1 (2018-07-02).
Installing package(s) ‘org.Mm.eg.db’
installing the source package ‘org.Mm.eg.db’

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.7/data/annotation/src/contrib/org.Mm.eg.db_3.6.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 69432647 bytes (66.2 MB)
downloaded 66.2 MB

* installing *source* package 'org.Mm.eg.db' ...
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
**###  AnnotationDbi 、rlang 需要安装**
Error: package or namespace load failed for 'AnnotationDbi' in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 there is no package called 'rlang'
Error : package 'AnnotationDbi&