用biomaRt进行基因ID转换

最新推荐文章于 2024-05-06 09:18:28 发布
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分类专栏： 生信分析 文章标签： 经验分享
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本文介绍了如何利用R包biomaRt进行基因ID转换，解决了RNA-seq数据分析中遇到的问题。通过biomaRt，可以将大量的基因ID转换为可识别的基因名称，简化了手动查找的繁琐过程，并提供了相关代码示例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

今天，终于学会了之前看上去很神奇的ID转换。之前分析RNA-seq数据结果之后，拿到的结果很让我烦躁，因为，如图。
在这里插入图片描述

我怎么知道那个ID是个什么基因？于是乎，我就搜索。
用到了biomart,这个ensmbl网站上的一个工具。大致流程可以参考下面链接：
基因转换小工具很实用
批量转换基因名教程
biotools
比对着教程，做了一点操作，但是感觉很繁琐，而且，最后的结果和原来CSV文件里的顺序是不一样的，截图如下：
在这里插入图片描述这样受到了限制，因为一次性最多500个基因名，那么我要是有1500个，我要分三次检索，整个过程还算可以忍受，但是，我要比对上原来的gene_id,就要一个个去找，这样太麻烦了，我中间真的想要放弃

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leo12354
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