荧光补偿是指修正荧光光学信号在探测器之间相互渗漏并被数字化检测的过程。自单激光双色分析出现后,此过程变得十分重要。每种荧光素分子都具有自身的光谱发射范围。这些发射光谱之间存在相互叠加,在某些情况下此现象十分明显。
举例来说,如下图为FITC与PE荧光发射光谱的叠加情况。在一个双探测器系统中,可设计将FITC荧光从PE荧光中分离出来。检测荧光发射光时根据其波长和分布将选择其中一小部分进入探测器,这部分荧光可由不同的滤光片从全部发射光中选择特定波长范围的荧光来获得。这样FITC荧光由530nm的滤光片选择后送入探测器中;PE荧光则是由575nm滤光片来选择。但是有部分FITC荧光会出现在PE探测器中,这是因为它的发射光涵盖两个探测器滤片的过滤范围。这部分信号我们称之为荧光渗漏,因为它是由FITC荧光渗漏到PE探测器中的。
注意想要设计一组荧光滤片来只收集FITC或PE信号是不可能的;因为当同时使用这两种荧光染料时荧光叠加总是存在的。这样只要FITC荧光存在,就会在530nm区得到一个信号,同时也会在575nm区得另一些信号。如这时有PE荧光存在,它也将在575nm区收集。那我们如何才能计数多少信号是来自PE而又有多少信号是由FITC引起的呢?这个计算过程我们称为“荧光补偿”,如去除FITC在PE发射光谱带上的荧光来修正PE探测器中的信号。