Rosetta基础4：Finding Local Energy Minima Using the Minimizer

本文位Rosetta 官网中Finding Local Energy Minima Using the Minimizer教程，选择翻译而来。

Introduction

蛋白质不是静态的结构，相反它们的构象存在波动，并作为状态的集合存在。蛋白质的构象中每一个快照都与一种能量相关联，其中一些构象具有高能量，一些构象具有低能量。在分子模型中，通常需要在当前能量函数中找到全局最小值（也就是最低能量构象）。然而，从广阔的能量空间中搜索最低能量构象是一项很困难的任务，因此我们只能退而求其次：局部最小值。

”Minimization 最小化是在给定起始结构的构象和能量的情况下，求解能量函数中最接近局部最小值的方法。“

Rosetta 有一个核心算法，叫做最小化算法（minimizer），它能解决将一个结构移动到它最近的局部能量最小值的问题。这采用了梯度下降最小化几种变体的一种，以找到能量函数中最接近局部最小值。minimizer可以使用许多不同的最小化算法，但本质上，所有最小化算法都选择一个向量最为下降方向，沿着该向量前进，直到能量停止下降（直线搜索），然后选择一个新的方向并重复。在本教程中，我们将使用 lbfgs_armijo_nonmonotone 算法，这是一种多步骤算法，只需调用一次就可以达到函数的局部最小值（而不是条用重复迭代来达到收敛）。

”一般来说，最小化是确定的，不像依赖蒙特卡洛搜索的方法。重复一个最小化轨迹多次通常没有什么好处，得到的构象集合不应该有多样性。“

最小化算法对于平台与平台之间，甚至编译器与编译器之间的微小数值精度差异是非常敏感的。

许多Rosetta 模块调用最小化算法（minimizer），但最简单的方法之一是使用最小化可执行文件。

Goals

本教程中，将学习三种不同方式使用众多最小化算法中的一种，首先允许结构中的所有残基在最小化过程中移动，然后使用两种只允许自由度（DOFS）的子集变化的方法。具体来说我们将学习到：
1）通过命令行调用 score 和 minimize 程序
2）创建并利用约束文件来组织 CA 原子在结构的一部分发生移动
3）创建并利用一个 movemap 来控制在最小化过程中允许移动的自由度
4）比较和分析每种最小化类型的输出文件和结构

How-To: Minimize

Analyzing the input structure

先得到1bzy.pdb的文件中构象的打分：

(base) [wks@localhost mini]$ ~/software/rosetta_src_2019.12.60667_bundle/main/source/bin/score_jd2.mpi.linuxgccrelease -in:file:s 1bzy.pdb
(base) [wks@localhost mini]$ cat score.sc
SEQUENCE:
SCORE: total_score       score dslf_fa13    fa_atr    fa_dun   fa_elec fa_intra_rep fa_intra_sol_xover4              fa_rep              fa_sol hbond_bb_sc hbond_lr_bb    hbond_sc hbond_sr_bb linear_chainbreak lk_ball_wtd       omega overlap_chainbreak            p_aa_pp pro_close rama_prepro         ref        time yhh_planarity description
SCORE:     385.895     385.895     0.000 -1236.823   856.804  -305.074       28.151              47.545             348.501             745.573     -29.016     -55.251     -11.022     -62.127             0.000     -24.558      -2.742              0.000            -28.123     3.670      26.281      82.233       0.000         1.875 1bzy_0001

输出score.sc，包含了这个构象的 Rosetta 打分。第一行是标题行，告诉我们那一列对应哪个分数。第二行看到蛋白构象的 Rosetta 总分是385.895，它有一个很高的排斥分数fa_rep 意味着结构中原子之间存在冲突，一个很高的 dundrack 值很高，fa_dun 意味着这个结构中许多 rotamers 的概率都很低。
我们可以用 minimizer 修复这个蛋白。

Setting up the flags file

首先，指定如何运行 minimizer，创建一个 flags :

 -in:file:s  1bzy.pdb
 -run:min_type lbfgs_armijo_nonmonotone
 -run:min_tolerance 0.001

第一个参数 -in:file:s，指定输入文件，在这个教程中式1bzy
第二个参数 run:min_type，指定最小化算法使用类型，在这个例子中是：lbfgs_armijo_nonmonotone
第三个参数 run:min_tolerance，最小化算法的收敛值。Rosetta对函数最小化有两种”tolerance“，regular tolerance 和 absolute tolerance。Regular tolerance 是函数值被最小化的分数阶公差，也就是0.01的偏差意味着发现的最小函数值可能在真实局部最小值的1%以内。Absolute tolerance 不考虑当前函数值，即绝对公差为0.01意味着发现的最小函数值与真正的局部最小值之间的最大REU为0.01。 Minimizers 通常默认使用 Regular tolerance。一般而言，将部分公差设置为 0.01是非常宽松的，因此建议指定小于0.01的公差设置，我们将公差设置为0.001。

Running the minimization command

运行命令，输出 score.sc 和 1bzy_0001.pdb

(base) [wks@localhost mini]$ /home/wks/software/rosetta_src_2019.12.60667_bundle/main/source/bin/minimize.mpi.linuxgccrelease @flags
SCORE: total_score dslf_fa13    fa_atr    fa_dun   fa_elec fa_intra_rep fa_intra_sol_xover4              fa_rep              fa_sol hbond_bb_sc hbond_lr_bb    hbond_sc hbond_sr_bb lk_ball_wtd       omega     p_aa_pp pro_close rama_prepro         ref yhh_planarity description
SCORE:    -471.987     0.000 -1221.804   315.131  -323.615       27.557              45.024             140.024             707.791     -40.853     -62.116     -17.937     -67.784     -32.384      15.913     -39.942     2.890      -3.320      82.233         1.207 1bzy_0001

通过上面图片看到total_score，最小化后值为 -471.987，fa_rep 也从348.501 降低到140.024，fa_dun从856.804 降低到315.131。下图是1bzy 和 1bzy_0001的结构对比，灰色是1bzy_0001，绿色是1bzy

How-To: Minimization with Constraints

这一段采用教程中的例子，我还不知道怎么生成 cstfile 。

采用3hon.pdb，对 9 个C端尾部残基的骨干重原子施加谐波坐标约束（csts）。可以将这些约束想象为”弹性“ 或”橡皮筋“，它们在最小化轨迹期间轻轻将每个主链重原子拉回其原始位置。实际上，约束是一个附加的、人工电势加到总能量函数（一系列谐波电势惩罚偏离输入坐标）上。

Setting up the flags file and constraints file

需要在flag文件中添加额外的选项，告诉Rosetta 读取指定如何固定原子的约束条件。需要告诉 Rosetta 将额外的约束势添加到它正在使用的能量函数中。为此，我们在weights 文件中为约束评分项设置非零权重。flag 中参数：

-in:file:s 3hon.pdb
-run:min_type lbfgs_armijo_nonmonotone
-run:min_toleranace 0.001
-constraints:cst_file cstfile
-score:weights ref2015_cst
-out:suffix _minwithcsts

参数constraints:cst_file，指定使用约束文件的名称
参数 score:weights，为能量函数使用哪一组权重，在该例中使用 ref2015_cst权重文件，这是Rosetta数据库中预定义的权重文件，与ref2015（默认scorefunction）相同，只是增加了约束术语chainbreak、coordinate_constraint、atom_pair_constraint、angle_constraint、dihedral_constraint和res_type_constraint，每个的权重都是1.0。
参数 out:suffix，将通过在新的输出文件名后面追加后缀 “_minwithcsts” 来防止覆盖之前的输出

Running the minimization command

(base) [wks@localhost mini]$ /home/wks/software/rosetta_src_2019.12.60667_bundle/main/source/bin/minimize.mpi.linuxgccrelease @minwithcsts_flags

How-To: Minimization with a MoveMap

The MoveMap

这部分待定，后面更新