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JasonKQLin
我欲仁,斯仁至矣!
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使用install.package()和从命令行R CMD INSTALL安装R包的区别
A major difference between installing R packages using the R package installer at the R command line and shell command line is that package dependencies must be resolved manually at the shell command line.从使用的角度讲没区别原创 2024-06-04 09:43:23 · 158 阅读 · 0 评论 -
R 设置错误信息的长度
最近运行代码报错,查看错误信息时发现错误信息只显示了一半,原因是错误信息太长了,默认的设置显示不完(默认设置有点傻),搜索了半天在解决了,解决方法是用下面的命令去设置输出错误信息的长度:options(warning.length = 5000)原创 2023-10-24 21:18:04 · 143 阅读 · 0 评论 -
WGCNA分析之一-------理清概念
1,定义WGCNA即Weighted gene co-expression network analysis,加权基因共表达网络分析。2,有什么用2.1 将共表达的一组基因放在一起研究,可以得到比单个上调、下调基因更多的信息;2.2 鉴定"hub gene"(即与其它基因关系密切的基因、处于中心位置的基因、有重要作用的基因);2.3 探究基因模块(一组共表达的基因)与性状(疾病状态)之间的关系。3,输入数据的格式RPKM,FPKM和标准化之后的counts值等等都可以。但必须是以样本为单位进行原创 2021-01-07 22:47:46 · 1774 阅读 · 0 评论 -
Installation path not writeable in R
当你安装R包时,出现了这个错误,Installation path not writeable, unable to update packages。很有可能是因为你R包安装的位置存在两个。可以使用installed.packages()[, c(“Package”, “LibPath”)]来查看所有的R包位置。同时使用Sys.chmod(“file”,‘777’)其中file是你R包安装的位置,然后这个包就能正常使用了Referencehttps://zhuanlan.zhihu.com/p转载 2020-11-18 15:33:15 · 7871 阅读 · 3 评论 -
R factor to numeric
在R中要将factor型数据转化为numeric型数据,必须先将factor转化为character型,不能跨越。> x <- factor(6)> class(x)[1] "factor"> y <- as.numeric(x)> y[1] 1> z <- as.numeric(as.character(x))> z[1] 6...原创 2020-08-12 17:33:47 · 375 阅读 · 0 评论 -
pROC中两条曲线p-value计算
1,使用bootstrap法Note:抽取用来绘制ROC曲线的80%的数据,计算pAUC,重复抽取2000次,这样就可以用来计算标准差了,进而计算p-value。原创 2019-12-06 17:17:27 · 863 阅读 · 0 评论 -
R 不常见操作符
1,基础包中取余数:x %% y modulus (x mod y)5%%2 is 1整除:x %/% y integer division5%/%2 is 22,dplyr包中%>%类似于管道操作符, x %>% f(y), 即对x执行功能f(y)3,keras包中将value中的值赋给x:x %<-% valuevalue %->% x例...原创 2019-04-14 20:21:06 · 279 阅读 · 0 评论 -
R switch between long format and wide format
读入样例数据(长类型olddata_long和宽类型olddata_wide各一个)olddata_wide <- read.table(header=TRUE, text=' subject sex control cond1 cond2 1 M 7.9 12.3 10.7 2 F 6.3 10.6 11.1 3...原创 2019-05-09 12:18:38 · 1080 阅读 · 0 评论 -
R 取整
1,向上取整ceiling()2,向下取整floor()3,向零取整trunc()if a>0, trunc(a) == floor(a);else trunc(a) == ceiling(a).4,保留x位小数round(a, digits=x), a为被操作数。四舍六入无成双5,保留x位有效数字signif(a, digits=x), a为被操作数。...原创 2019-05-17 20:51:58 · 2667 阅读 · 0 评论 -
R test cases
为R包添加测试用例(test cases)1,安装testthat包install.packages(“testthat”)2,将开发好的包加载到Rstudio中来用getwd()查看,会发现当前目录正是“开发的包”的主目录3,初始化testthatusethis::use_testthat()(上述代码会创建一个tests目录,该目录下有一个叫testthat.R的文件以及一个t...原创 2019-08-02 14:47:17 · 302 阅读 · 0 评论 -
R基础知识
1,不常用命令demo()演示R大致能做出何种图形data()列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集help(ls)在屏幕中显示ls()函数的用法options()显示或设置当前选项history(#)显示最近使用过的#条命令(默认为25)savehistory(“myfile”)保存命令历史到文件myfile中(默认值为.Rhisotry)loadhistory(“...原创 2019-09-21 16:41:13 · 727 阅读 · 0 评论 -
R Keras使用问题
问题如下:解决方案:1,将keras包更新到最新;2,运行install_keras()原创 2019-04-14 19:57:24 · 669 阅读 · 0 评论 -
R studio 批量注释快捷方式
ctrl + shift + C(wins和MAC都有效)取消注释同样也是这个命令。原创 2019-04-21 20:37:11 · 9720 阅读 · 0 评论 -
R ggplot2 修改默认颜色
我们都知道ggplot2包是R的神器,很多生物学文章都选择用这个包来画图。用ggplot2就像玩俄罗斯方块一样,一层一层地往上叠加元素,这使得它用起来很方便。个人觉得它默认的配色系统很不多,但看到颜色后却不知道这种颜色叫啥,今天就来介绍一下,如果你有1~6个元素,ggplot2给的配色分别是啥。1个元素:2个元素(颜色分配顺序为先从左到右,后从上到下):3个元素:4个元素:5个...原创 2018-10-28 16:16:38 · 25231 阅读 · 3 评论 -
Rstudio 快捷键
对R脚本进行多行注释或者取消多行注释command + shift + C (windows系统将command换成control)原创 2018-11-03 23:06:40 · 1831 阅读 · 0 评论 -
一文学会制作R包
R语言小巧精悍,能在多个平台上快速安装,具有众多的统计包,能快速画出还算美观的图(推荐ggplot2),因此在编程语言的舞台上占有一席之地。对于生物狗来说,主要用下面两种方式来安装R包:1,install.packages()2,source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)biocLite()用别人的包很爽,自己开发一个也很有趣,下面来谈...原创 2018-11-18 22:07:01 · 550 阅读 · 0 评论 -
R matrix函数详解
1,超几何分布检验常用来对venn图两个圈overlap的显著性进行检验,费歇尔精确检验常用来对2x2的列联表进行检验。2,假设有如下的统计数据:smokenon-smokelung cancer106normal112现在对其进行费歇尔精确检验,有两种提零假设的方法:2.1 对比抽烟组和非抽烟组H0:抽烟组得肺癌的概率p1和非抽烟组得肺癌的概率p...原创 2019-03-05 16:44:37 · 18887 阅读 · 0 评论 -
R的stats包中fisher.test()计算过程详解
最近用R包中自带的fisher’s exact test做统计检验时,发现结果跟用超几何分布手动算出来(就是把每一种可能都穷尽的,再根据超几何分布来算p-value)的不一样,那么问题在哪呢?问题就在R包中自带的fisher’s exact test的零假设跟我们常规的不一样,它的零假设和备择假设分别为:H0: true odds ratio is equal to 1;H1: true o...原创 2019-03-05 19:15:29 · 25196 阅读 · 1 评论 -
R mode class str typeof
1,‘mode’ is a mutually exclusive classification of objects according to their basic structure. The ‘atomic’ modes are numeric, complex, character and logical. Recursive objects have modes such as ‘lis...原创 2019-03-16 16:12:33 · 364 阅读 · 0 评论 -
R包hash用法
1,给一个hash赋值h <- hash( keys=letters, values=1:26 )h <- hash( letters, 1:26 )2,取出一个哈希对h[“a”]3,取出某个键对应的值h[[“a”]]4,清空元素clear(h)5,删除这个哈希rm(h)6,循环赋值(也可以用于单独赋值)h<-hash()for (i in 1:7296...原创 2019-03-24 18:17:01 · 2622 阅读 · 0 评论 -
R ggplot2坐标轴设置相关函数
1,设置坐标轴标签:xlab()、ylab()、labs(x=NULL, y=NULL)2,设置坐标轴刻度范围:xlim()、ylim()3,添加标题:ggtitle()4,theme():控制字体、坐标轴刻度、背景以及背景上的线条4.1 在theme()内部有很多函数来控制不同的部位:控制标题字体大小:plot.title = element_text(size = 16)控制坐标...原创 2019-04-01 11:39:15 · 10023 阅读 · 1 评论 -
R matrix 取子集
1,根据行名、列名取子集test <- matrix(rnorm(20), ncol = 4)rownames(test) <- LETTERS[1:5]colnames(test) <- letters[1:4]test输出为a b c dA 1.62977061 -0.21727021 1.41091...原创 2019-04-11 15:41:59 · 1280 阅读 · 0 评论 -
R 提取系统树图(dendrogram)中两两样本间的距离
1,直接计算距离(如欧式距离)比较容易test <- matrix(rnorm(20), ncol = 4)rownames(test) <- LETTERS[1:5]colnames(test) <- letters[1:4]dist(test, method = "euclidean")输出为A B C DB 2...原创 2019-04-11 16:54:18 · 2179 阅读 · 0 评论 -
R临时变量效率
在R中设置临时变量会是效率变低test &lt;- rnorm(10)names(test) &lt;- letters[1:10]A &lt;- for (i in 1:10000) { tmp &lt;- test[order(test, decreasing = TRUE)] res &lt;- c(head(tmp, 2), tail(tmp, 2)) return(re...原创 2018-10-15 16:42:18 · 248 阅读 · 0 评论