TCGA masked cnv含义

最新推荐文章于 2024-08-18 15:16:52 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： big data
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本文链接：https://blog.csdn.net/linkequa/article/details/139442071
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Masked copy number segments are generated using the same method except that a filtering step is performed that removes the Y chromosome and probe sets that were previously indicated to be associated with frequent germline copy-number variation.

JasonKQLin
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专栏目录
数据挖掘：是时候更新一下TCGA的数据了
weixin_44493991的博客
02-25 414
![生信交流与合作请关注公众号@生信探索] TCGA在去年更新之后提供了Count、TPM、FPKM三种格式的mRNA表达量数据，同时提供了ensembl gene ID、基因名、基因类型，因此有必要更新一下数据了。 按照需要的R包 install.packages("tidyverse")install.packages("arrow")install.packages("data.table")install.packages("magrittr")install.packages("pacman")
tcga数据下载_TCGA数据库免疫相关文件下载大全
weixin_39604276的博客
11-19 1006
本文首发于生信技能树公众号，直达链接是：https://mp.weixin.qq.com/s/-amtbxvk0mC2Nv-bwt1BeQ 2018年4月Immunity杂志上发表了文章The Immune Landscape of Cancer ，由34个单位共同合作完成。文章对TCGA中33种癌症，超过10,000个肿瘤样本进行了免疫原性分析，将所有肿瘤分成6种免疫亚型，即：wound he...
TCGA的拷贝数变异CNV可视化
医学和生信笔记的博客
11-13 4106
大家看文献时可能经常遇到各种的可视化，都很好看，但是不知道怎么画出来的：GISTIC2会自动出一些结果，但是并不好看，而且扩增和删失是分开的：网络上也没找到怎么画，只能自己操作一下了！
TCGA 数据分析实战 —— 突变及拷贝数分析
dxs18459111694的博客
05-29 3529
在介绍完的查询下载和数据分析功能之后，我们简单展示几个示例，来练练手，加深对这个包的理解和使用我们主要从基因组、转录组和表观组3个维度分别举例来进行说明。
新版TCGA不同癌种数据合并
医学和生信笔记的博客
11-12 2683
很多文章对于TCGA中的一些癌症都是联合分析的，比如TCGA-COAD和TCGA-READ，首先是它们的疾病特点和治疗方式存在很多相似之处，同时这样做也可以增大样本量。如果你是使用包下载的数据，那么它们的合并超级简单，直接cbind()即可！
TCGAbiolinks包下载TCGA数据
qq_27390023的博客
01-06 3435
​​​​​​Bioconductor的TCGAbiolinks包用于GDC数据综合分析的R/Bioconductor软件包，本文主要展示下载数据集和代码。 1. 包的加载 # if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") # # BiocManager::install("TCGAbiolinks") library(TCGAbiolinks) library(...
TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用
dxs18459111694的博客
05-27 3681
前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。
CNV拷贝数变异分析（GISTIC在线分析、maftools)
热门推荐
edoracatt的博客
05-29 2万+
CNV拷贝数变异分析是什么？贴一段TCGA官网的介绍 “The copy number variation (CNV) pipeline uses Affymetrix SNP 6.0 array data to identify genomic regions that are repeated and infer the copy number of these repeats. This pipeline is built onto the existing TCGA level 2 data ge
公开数据库汇总及下载(1)-TCGA
最新发布
S_AGZX的博客
08-18 1555
生物医学数据库分类、TCGA介绍、TCGA下载
TCGA免疫浸润_TCGA_perl脚本tcga_mRNA_merge.pl_perl整理tcga_
10-02
TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目是一个大规模的癌症基因组研究计划，旨在通过全面分析不同类型的肿瘤样本，揭示癌症的遗传和分子基础。这个压缩包包含的资源是针对TCGA数据进行免疫浸润分析的Perl脚本，这些...
新版TCGA数据整理，通过R语言实现TCGA数据整理
04-05
### 新版TCGA数据整理知识点 #### 关于TCGA数据 TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一项旨在系统地对不同类型的癌症的遗传变异进行研究的项目。该计划由美国国家卫生研究院（NIH）下属的国家癌症研究所（NCI）和...
TCGA临床数据提取_perl提取tcga临床数据,perl读取临床数据报错
05-04
TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目是一个大规模的癌症基因组研究计划，旨在通过全面的基因组分析揭示多种癌症类型的分子基础。在这个过程中，临床数据扮演着至关重要的角色，因为它提供了患者的基本信息、疾病...
R DESeq2 详解
linkequa的博客
10-17 1万+
DESeq2结果p-value和padj设为NA的理由： Note on p-values set to NA: some values in the results table can be set to NA for one of the following reasons: If within a row, all samples have zero counts, the baseMea...
不同转录组测序方法总结
linkequa的博客
01-03 1万+
1，有参与无参的区别 有参和无参指的是有无参考基因组，对于没有参考基因组的物种，采用如下的处理方法： 无参考基因组的真核生物转录组项目使用Illumina测序平台，获得测序原始数据后，首先进行质控拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、SNP、SSR标记开发等分析。在此基础上，也可以进行多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等，用于发现功能基因，为下一步研究提供方向。 2，globin去除与否 珠蛋白（globin）是一类能够通过铁卟啉环可逆性结合氧的呼吸性蛋白质，广泛存在于细菌、真菌、植物.
Kaplan-Meier plot cutoff选择
linkequa的博客
10-30 5502
Kaplan-Meier plot在生物医学中很常见，主要用来做预后分析，比如可以根据gene A的表达量把病人分成两组，用KM plot去比较哪组病人预后好，进而可以得出gene A的表达量高低与病人预后好坏相关性的结论。 画KM plot时，有时候会比较纠结怎样对病人进行分组，如何来设置分组的cutoff。经过大量的文献调研，我发现下面几条规律： 1，在有充分的证据定义gene A的表达量在某...
常用序列比对算法总结
linkequa的博客
12-07 5265
常用比对算法总结
RPKM vs. FPKM vs. TPM
linkequa的博客
08-09 2512
1，全称 RPKM: Reads Per Kilobase Million FPKM: Fragments Per Kiolbase Million TPM: Transcripts Per Million RPKM vs. FPKM 二者类似，RPKM针对单端测序，测得的一条序列就叫做一条reads；FPKM针对双端测序，测序得到的Read 1和Read 2合起来称为一个fragment。如果严...
WGCNA分析之一-------理清概念
linkequa的博客
01-07 1793
1，定义 WGCNA即Weighted gene co-expression network analysis，加权基因共表达网络分析。 2，有什么用 2.1 将共表达的一组基因放在一起研究，可以得到比单个上调、下调基因更多的信息； 2.2 鉴定"hub gene"（即与其它基因关系密切的基因、处于中心位置的基因、有重要作用的基因）； 2.3 探究基因模块（一组共表达的基因）与性状（疾病状态）之间的关系。 3，输入数据的格式 RPKM，FPKM和标准化之后的counts值等等都可以。但必须是以样本为单位进行
chi-square, McNemar‘ exact, Mantel-Haenszel, Kappa, Fisher exact test区别
linkequa的博客
04-03 1683
1，chi-square test 2， McNemar’ exact test 3，Mantel-Haenszel test 4，Kappa test 5，Fisher exact test
TCGA癌症基因组数据库深度解析
“TCGA癌症数据库介绍专题.pptx” TCGA，全称为The Cancer Genome Atlas，是一个庞大的项目，旨在深入理解癌症的基因组变化，并推动医学研究和临床实践的进步。这个专题介绍了TCGA数据库的核心特点、数据产生流程、...
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