Kaplan-Meier plot cutoff选择

Kaplan-Meier plot在生物医学中很常见,主要用来做预后分析,比如可以根据gene A的表达量把病人分成两组,用KM plot去比较哪组病人预后好,进而可以得出gene A的表达量高低与病人预后好坏相关性的结论。

画KM plot时,有时候会比较纠结怎样对病人进行分组,如何来设置分组的cutoff。经过大量的文献调研,我发现下面几条规律:

1,在有充分的证据定义gene A的表达量在某个范围算高表达或低表达时,可以用这个预先定义的标准对样本进行分类;

2,大多数情况下,根据gene A表达量从低到高对样本进行排序,取前50%为低表达,后50%为高表达,然后画KM plot;

3,少数paper也会选一些其它的cutoff,比如前1/3和后2/3,前10%和后10%(中间80%的数据去掉),貌似也没有足够的证据证明这种分法不对。

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