不同转录组测序方法总结

1，有参与无参的区别

有参和无参指的是有无参考基因组，对于没有参考基因组的物种，采用如下的处理方法：

无参考基因组的真核生物转录组项目使用Illumina测序平台，获得测序原始数据后，首先进行质控拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、SNP、SSR标记开发等分析。在此基础上，也可以进行多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等，用于发现功能基因，为下一步研究提供方向。

2，globin去除与否

珠蛋白（globin）是一类能够通过铁卟啉环可逆性结合氧的呼吸性蛋白质，广泛存在于细菌、真菌、植物和动物体内， 并显示出巨大的结构和功能多样性。

Globin-Zero™ Gold Kit可以去除血液RNA中的细胞质核糖体RNA、线粒体RNA和成熟的球蛋白mRNA，有效的富集其他编码RNA和非编码RNA，为全转录组研究提供更丰富的信息量。

3，rRNA的去除方法

3.1 方法一（RNA酶消化法）

Note:RNase H是指核糖核酸酶 H，是一种核糖核酸内切酶，可以特异性地水解 DNA-RNA 杂合链中的 RNA。RNase H 不能水解单链或双链 DNA 或 RNA 中的磷酸二酯键，即不能消化单链或双链 DNA 或 RNA。

3.2 方法二（Ribo-Zero-seq）

4，全转录组测序

全转录组测序通过构建两个测序文库（一是小RNA测序文库、二是lncRNA测序文库）是可以测到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA。

5，lncRNA一般采用链特异性测序。

6，circRNA建库，多了用RNase R处理的步骤。

Note: RNase R能够消化几乎所有的线性RNA分子,但不易消化环形RNA,因此常用于circRNA的富集和鉴定实验。