数据挖掘：是时候更新一下TCGA的数据了

探因科技

已于 2023-02-25 10:17:58 修改

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文章标签：程序人生

于 2023-02-25 10:15:46 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44493991/article/details/129212485

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随着TCGA数据的更新，现在提供了Count、TPM、FPKM三种格式的mRNA表达量数据，还包括ensembl gene ID、基因名和基因类型等详细信息。本文将指导如何下载这些数据，包括创建文件夹、获取mRNA、microRNA、SNV和CNV等不同类型的组学数据。

摘要由CSDN通过智能技术生成

![生信交流与合作请关注公众号@生信探索] TCGA在去年更新之后提供了Count、TPM、FPKM三种格式的mRNA表达量数据，同时提供了ensembl gene ID、基因名、基因类型，因此有必要更新一下数据了。

按照需要的R包

install.packages("tidyverse")
install.packages("arrow")
install.packages("data.table")
install.packages("magrittr")
install.packages("pacman")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
   
  install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")
BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")