使用seqtk

安装

服务器上已经由老师安装好尝试在自己的虚拟机上安装。

seqtk运行

尝试从一个fastq文件中提取100000个reads

:~$ gunzip -c /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz |seqtk sample -s 60 -500 >test500.fq
sample: invalid option -- '5'
sample: invalid option -- '0'
sample: invalid option -- '0'

Usage:   seqtk sample [-2] [-s seed=11] <in.fa> <frac>|<number>

Options: -s INT       RNG seed [11]
         -2           2-pass mode: twice as slow but with much reduced memory

输入代码后报错发现是

gunzip -c /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz |seqtk sample -s 60 -500 >test500.fq

在60 - 500之前没有加空格重新加入空格执行后运行成功

 wc -l test500.fq
2000 test500.fq

less test500.fq

查看提取出的文件

seqtk还有其他的功能可以用来提取DNA序列提取蛋白质序列