seqtk、seqkit、gtftk 的使用

1.fasta文件处理

1.1 seqtk

1.1.1 seq:

seqtk seq -l n(数字） file1 ：每行显示n个字母

seqtk seq -L n(数字） file1 ：file1 中短于n的序列删除

seqtk seq -u file1 ： 小写转化为大写

1.1.2 sample

seqtk sample -s n(seed) file1 x/百分比(抽x条数据):随机抽取x条数据或百分之多少的数据

1.1.3 subseq

seqtk subseq file1 file2 :在文件1中寻找文件2的内容

1.2 seqtik

2.gtf文件处理

2.1gffread

gff转换为gtf文件

gffread -T -o file1 file2(原文件） #-o后跟输出文件名，-T表示输出必须为gtf文件

gffread -T  -o  genes.gtf  SWO.v3.0.gene.model.gff3 #-o后跟输出文件名，-T表示输出必须为gtf文件

2.2gtftk